Quorumpeps 群体感应数据库简介
群体感应的定义:
细菌能自发产生、释放一些特定的信号分子,并能感知其浓度变化,调节微生物的群体行为, 这一调控系统称为群体感应。细菌群体感应参与包括人类、动植物病原菌致病力在内的多种生物学功能的调节。
近年来的研究证明细菌之间存在信息交流,许多细菌都能合成并释放一种被称为自诱导物质(autoinducer,AI)的信号分子,胞外的AI浓度能随细菌密度的增加而增加,达到一个临界浓度时,AI能启动菌体中相关基因的表达,调控细菌的生物行为。如产生毒素、形成生物膜、产生抗生素、生成孢子、产生荧光等,以适应环境的变化,我们将这一现象称为群体感应调节(quorum sensing.QS)。这一感应现象只有在细菌密度达到一定阈值后才会发生,所以也有人将这一现象称为细胞密度依赖的基因表达(cell density dependent control of gene expression)
根据细菌合成的信号分子和感应机制不同,QS系统基本可分为三个代表性的类型:革兰氏阴性细菌一般利用酰基高丝氨酸内酯( AHL) 类分子作为AI ,革兰氏阳性细菌—般利用寡肽类分子(Al P) 作为信号因子,另外许多革兰氏阴性和阳性细菌都可以产生一种AI - 2的信号因子,一般认为AI - 2是种间细胞交流的通用信号分子,另外最近研究发现,有些细菌利用两种甚至三种不同信号分子调节自身群体行为,这说明群体感应机制是极为复杂的
以上解释来源于百度百科,可以看到,信号分子AI 在群体感应中其关键的调控作用,而 Quorumpeps 数据库收录了许多文献报导的信号分子的蛋白质序列,并对其来源物种,功能 ,受体,化学结构给出了对应的信息。
数据库的网址如下:
http://quorumpeps.ugent.be
检索界面如下:
如果检索框中不输入任何字符,直接检索,就可以得到数据库中所有的记录
检索的结果如下:
每个字段的含义如下:
ID : 数据库中记录的ID号,每条记录一个唯一的ID,从1开始
Sequence: 序列名称,可以在NCBI中检索得到对应的序列信息
Molecular formula : 分子式
Species origin : 来源的物种
Receptor : 受体
Reference : 对应的文献的数量
Quorumpeps 数据库共收录了346个信号分子,但是并没有提供信号分子对应的序列下载
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