ChIP-seq 核心分析 下游分析
http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial
【怪毛匠子 整理】
ChIP-seq【核心分析 下游分析】
- Core Analysis : Peak detection: Split raw data then run ChIPseeqer
- Core Analysis : Quality Control: QC analysis for the raw reads (after Split raw data)
- Core Analysis : Gene-level annotation of peaks (Exons/introns/promoters/downstream extremities) and genomic distribution using ChIPseeqerAnnotate
- Core Analysis : Quick promoters summary of peaks using ChIPseeqerSummaryPromoters
- Core Analysis : Create data tracks for the UCSC Genome Browser
- Visualize peak locations in UCSC Genome Browser using ChIPseeqerPeaksTrack
- Create a read density track for the UCSC Genome Browser using ChIPseeqerMakeReadDensityTrack
- Core Analysis : Use ChIPseeqerRun if you want to run the 3 first steps of the Core Analysis (QC, Split in reads-Peak detection, Gene annotation) fast with a single command.
- Extended Analysis : Nongenic annotation using ChIPseeqerNongenicAnnotate
- Extended Analysis : RNAGenes annotation using ChIPseeqerRNAGenes
- Extended Analysis : Motif discovery
- De novo regulatory element discovery using ChIPseeqerFIRE and FIRE
- Find peak matches to known transcription factor binding sites using ChIPseeqerMotifMatch
- Extended Analysis : Pathways analysis
- Look for enriched pathways using ChIPseeqeriPAGE and iPAGE
- Find pathway matches to peaks/genes using ChIPseeqerPathwayMatch
- Extended Analysis : Evaluate conservation of peaks using ChIPseeqerCons
- Extended Analysis : Estimate average read density profiles in genes or peak regions using ChIPseeqerDensityMatrix
- Extended Analysis : Extract (maximum/average) reads count for peak regions across multiple ChIP-seq datasets using ChIPseeqerReadCountMatrix
- Extended Analysis : Cluster and visualize the detected peak regions using ChIPseeqerCluster
- Extended Analysis - Compare datasets : Compare two lists of peaks; (e.g., Which peaks overlap ? Are there any peaks in the first list with no overlap in the second one?)
- Use CompareIntervals
- Extended Analysis - Compare datasets : Compare two lists of RefSeq genes (e.g., Which genes are common in the two lists?)
- Use CompareGenes
- Extended Analysis - Compare datasets : Make a similarity coefficient matrix (based on Jaccard index) to see which TFs are similar in terms of peaks overlapping, using ChIPseeqerComputeJaccardIndex
- Extended Analysis - Compare datasets : Make one matrix for each genepart (promoters/exons/introns/distal etc) from multiple peak files in order to find e.g., genes promoters where most of the TFs bind.
- ChIPseeqerMakeGenepartsMatrix
Other supplementary tools can be found here
ChIP-seq 核心分析 下游分析的更多相关文章
- Zepto核心模块源代码分析
一.Zepto核心模块架构 Zepto核心模块架构图 该图展示了Zepto核心模块架构代码的组织方式.主要分为私有变量.函数和暴露给用户的所有api. Zepto核心模块架构代码 该图展示了Zepto ...
- 转:[gevent源码分析] 深度分析gevent运行流程
[gevent源码分析] 深度分析gevent运行流程 http://blog.csdn.net/yueguanghaidao/article/details/24281751 一直对gevent运行 ...
- java代码分析及分析工具
一个项目从搭建开始,开发的初期往往思路比较清晰,代码也比较清晰.随着时间的推移,业务越来越复杂.代码也就面临着耦合,冗余,甚至杂乱,到最后谁都不敢碰. 作为一个互联网电子商务网站的业务支撑系统,业务复 ...
- 扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures
本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点 ...
- x264源代码 概述 框架分析 架构分析
函数背景色 函数在图中以方框的形式表现出来.不同的背景色标志了该函数不同的作用: 白色背景的函数:不加区分的普通内部函数. 浅红背景的函数:libx264类库的接口函数(API). 粉红色背景函数:滤 ...
- Qt Creator Valgrind内存分析前端(分析Nginx内存)
Linux上使用Qt Creator进行C/C++开发http://my.oschina.net/eechen/blog/166969Qt Creator GDB调试前端(调试Nginx):http: ...
- Python之路,Day22 - 网站用户访问质量分析监测分析项目开发
Python之路,Day22 - 网站用户访问质量分析监测分析项目开发 做此项目前请先阅读 http://3060674.blog.51cto.com/3050674/1439129 项目实战之 ...
- MapReduce源代码分析MapTask分析
前言 MapReduce该分析是基于源代码Hadoop1.2.1代码分析进行的基础上. 该章节会分析在MapTask端的详细处理流程以及MapOutputCollector是怎样处理map之后的col ...
- Hadoop项目实战-用户行为分析之分析与设计
1.概述 本课程的视频教程地址:<用户行为分析之分析与设计> 下面开始本教程的学习,本教程以用户行为分析案例为基础,带着大家对项目的各个指标做详细的分析,对项目的整体设计做合理的规划,让大 ...
随机推荐
- es6语法在ios低版本的支持性
let.const.箭头函数在ios的某些版本不支持,会引起报错 参考:https://blog.csdn.net/cx091/article/details/79805369 https://can ...
- Vue2全家桶之一:vue-cli(vue脚手架)超详细教程
本文转载于:https://www.jianshu.com/p/32beaca25c0d 都说Vue2简单上手容易,的确,看了官方文档确实觉得上手很快,除了ES6语法和webpack的配置让你感到 ...
- FPM六:接五,跳转到明细
1.在RESULT的Feeder class里添加点击单号事件: method IF_FPM_GUIBB_LIST~GET_DEFINITION. DATA:GW_ACTION TYPE FPMGB_ ...
- 洛谷P1439 【模板】最长公共子序列
题目描述 给出1-n的两个排列P1和P2,求它们的最长公共子序列. 输入输出格式 输入格式: 第一行是一个数n, 接下来两行,每行为n个数,为自然数1-n的一个排列. 输出格式: 一个数,即最长公共子 ...
- ACM 第十一届 河南省省赛A题 计划日
一.题目描述如下: 二.思路分析 其实这个如果是一个填空题,可以直接用Excel快速计算出来,反而用代码比较麻烦 说一下我的代码的思路: 1.如果N大于本月剩下的天数,就先从N天里减去本月剩下的天数, ...
- (整理4)RPC服务和HTTP服务简单说明
很长时间以来都没有怎么好好搞清楚RPC(即Remote Procedure Call,远程过程调用)和HTTP调用的区别,不都是写一个服务然后在客户端调用么?这里请允许我迷之一笑~Naive!本文简单 ...
- js中字节B转化成KB,MB,GB
function change(limit){ var size = ""; if(limit < 0.1 * 1024){ //小于0.1KB,则转化成B size = l ...
- 一个通过GINA拦截 盗窃登陆口令的病毒分析
病毒行为: 1\将资源中的DLL释放到当前目录下 2\设置注册表,将GINA DLL设置为上一步中释放的DLL DLL行为: 1\在DLL被进程装载时, 装载正常的msgina.dll, 并保存句柄, ...
- Failed to start bean 'stompBrokerRelayMessageHandler'; nested exception is java.lang.NoClassDefFoundError: reactor/io/codec/Codec
最新版本的Spring需要reactor 2.0,看看你的POM有一个明确的1.1.6依赖. 解决: <dependency> <groupId>org.projectreac ...
- 指导手册06:HBase安装部署
指导手册06:HBase安装部署 配置环境 1.参考文件: https://www.cnblogs.com/lzxlfly/p/7221890.html https://www.cnblogs.com ...