PCoA:主坐标轴分析

数值型变量使用各种距离公式,而分类变量看是否相同,比如,

Aabbcc

||

Aaffff

其中,两个相同,4个不同,一组6个,则(6+6-2*2)=8。

PC0A与PCA区别在于PCoA有多种计算距离公式。

NMDS:

两者之差比两者之和,得到similarity得分,按分排序。所以,S是similarity,值越大越相似。

对差距不敏感只有排序,多一个物种或者类群差距都不大,稳健性。

STRESS来衡量转换的好坏,低于0.05比较好。

RDA or RA用矩阵解释矩阵,以前是用矩阵解释向量。Eg:用生化指标(10项)解释身高、体重和血压。

原理是将矩阵转化为向量,最后用向量解释向量,即得到两个RDA1之间的相关系数。

Loading 是每一列的变量,就是每个主成分含有多少轴,score是每一个sample对应的值。即一个主成分中可能有N个轴,就是一个主成分占有N个变量。

用RDA不能解释的部分用PCA解释:

Triplot:y变量,x变量,score值

分成两大类之后,分析各类对变量的影响:

散点图判断两两之间的单调性,如果是单调则使用RDA,非单调使用CCA。

CCA使用卡方分布,其余与RDA相同。

Unimodal是单峰非线性的,如果是双峰或者更复杂关系则不能使用。

Generalized Joint Attribute Modeling:

James S. Clark is Nicholas Professor of the Nicholas School of the Environment and Professor of Statistical Science. Clark’s research focuses on how global change affects populations, communities, and ecosystems.

PCoA|NMDS|STRESS|RDA |RA|Unimodal|CCA|Generalized Joint Attribute Modeling的更多相关文章

  1. ### Paper about Event Detection

    Paper about Event Detection. #@author: gr #@date: 2014-03-15 #@email: forgerui@gmail.com 看一些相关的论文. 1 ...

  2. GBDT(Gradient Boost Decision Tree)

    原文:http://blog.csdn.net/aspirinvagrant/article/details/48415435 GBDT,全称Gradient Boosting Decision Tr ...

  3. paper 15 :整理的CV代码合集

    这篇blog,原来是西弗吉利亚大学的Li xin整理的,CV代码相当的全,不知道要经过多长时间的积累才会有这么丰富的资源,在此谢谢LI Xin .我现在分享给大家,希望可以共同进步!还有,我需要说一下 ...

  4. pca , nmds , pcoa 图添加分组的椭圆

    对于pca , nmds, pcoa 这些排序分析来说,我们可以从图中看出样本的排列规则,比如分成了几组. 为例样本分组更加的直观,我们可以根据实验设计时的样本分组情况,对属于同一个group的样本添 ...

  5. linux压力测试工具stress

    最近给PASS平台添加autoscaling的功能,根据服务器的负载情况autoscaling,为了测试这项功能用到了stress这个压力测试工具,这个工具相当好用了.具体安装方式就不说了.记录下这个 ...

  6. 【RDA】使用RDA(Remote Diagnostic Agent)工具对数据库进行健康检查

    [RDA]使用RDA(Remote Diagnostic Agent)工具对数据库进行健康检查 分类: Linux RDA英文全称叫做"Oracle Remote Diagnostic Ag ...

  7. [LeetCode] Generalized Abbreviation 通用简写

    Write a function to generate the generalized abbreviations of a word. Example: Given word = "wo ...

  8. 多视图学习利器----CCA(典型相关分析)及MATLAB实现

    Hello,我是你们人见人爱花见花开的小花.又和大家见面了,今天我们来聊一聊多视图学习利器------CCA. 一 典型相关分析的基本思想 当我们研究两个变量x和y之间的相关关系的时候,相关系数(相关 ...

  9. 微软压力测试工具 web application stress

    转自 http://www.cnblogs.com/tonykan/p/3514749.html lbimba  铜牌会员 这里给广大的煤油推荐一个web网站压力测试工具.它可以用来模拟多个用户操作网 ...

随机推荐

  1. POJ 1422 DAG最小路径覆盖

    求无向图中能覆盖每个点的最小覆盖数 单独的点也算一条路径 这个还是可以扯到最大匹配数来,原因跟上面的最大独立集一样,如果某个二分图(注意不是DAG上的)的边是最大匹配边,那说明只要取两个端点只要一条边 ...

  2. (7)opencv图片内部的基本处理

    就是,给定我们一张图片,我们可以对图片的每一个像素的色彩进行处理 比如,我们的原图是这个样子 然后我首先将他变成灰度图(灰度图的行道是1,就是chanaual是1) 然后,我又将灰色图片的黑白进行颠倒 ...

  3. 了解OOM

    1)什么是OOM? OOM,全称“Out Of Memory”,翻译成中文就是“内存用完了”,来源于java.lang.OutOfMemoryError.看下关于的官方说明: Thrown when ...

  4. VS Code 配置vue开发环境

    一.插件 网上搜索vscode插件的文章,动辄十几个,其实根本用不了那么多,很多插件的作用还有重叠,电脑性能还被白白浪费.这里精简为主,每一个插件都发挥它最大的作用,并尽量说明它们的作用 Vetur ...

  5. halcoN GPU

    halcon18.11——DL http://www.ihalcon.com/read-11150.html   楼主# 更多发布于:2018-12-04 19:50     1. 按顺序下载安装 h ...

  6. Exchange 2016 CU12安装报错

    1.         报错信息: Exchange 2016 升级 CU12补丁报错,主要是在进行第10步安装管理工具时报SeSecurityPrivilega错误,详细如下: 查看安装log信息如下 ...

  7. POJ-2492 A Bug's Life(种类并查集)

    http://poj.org/problem?id=2492 题意: 给出一个T代表几组数据,给出一个n一个m,代表人的编号由1~n,m条命令,每条命令由两个数值组成,代表这两个人性别不同,问所有命令 ...

  8. 直击JDD | 王振辉:技术是驱动物流革新的第一要素

    "从物流基础设施的大规模智能迭代到产业供应链的数字化升级,物流行业从大而重变得'举重若轻',技术是驱动物流革新的第一要素."11月19日,京东物流集团CEO王振辉在2019京东全球 ...

  9. 吴裕雄--天生自然 JAVASCRIPT开发学习: DOM - 改变 HTML

    <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <title> ...

  10. Docker MongoDB 集群搭建

    简单地在Docker环境上搭建一个无认证的MongoDB集群.1.本文使用的容器集群角色 ContainerName IP:portConfig Server cfg_1    10.1.1.2:27 ...