bwa index|amb|ann|bwt|pac|sa

cat /xxx/DU--.gapcloser.fa |head - > t1.fa
bwa index -a bwtsw -p t1 t1.fa >t1.bwa_index.log >&

#$ ll
#total 292K
#-rw-r--r--  XXX  Jul  : t1.amb
#-rw-r--r--  XXX  Jul  : t1.ann
#-rw-r--r--  XXX 98K Jul  : t1.bwt
#-rw-r--r--  XXX 99K Jul  : t1.fa
#-rw-r--r--  XXX 25K Jul  : t1.pac
#-rw-r--r--  XXX 49K Jul  : t1.sa
#-rw-r--r--  XXX   Jul  : t1.bwa_index.log
#-rw-r--r--  XXX    Jul  : w.sh

[bwa_idx_build] fail to open file 't2.fa' : No such file or directory

其中：

参数-a用于指定建立索引的算法：

• bwtsw 适用于>10M
• is 适用于参考序列<2G (默认-a is)

可以不指定-a参数，bwa index会根据基因组大小来自动选择合适的索引方法

.amb is text file, to record appearance of N (or other non-ATGC) in the ref fasta.
.ann is text file, to record ref sequences, name, length, etc.
.bwt is binary, the Burrows-Wheeler transformed sequence.
.pac is binary, packaged sequence (four base pairs encode one byte).
.sa is binary, suffix array index.