poj(3080)
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Time Limit: 1000MS | Memory Limit: 65536K | |
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Description
As an IBM researcher, you have been tasked with writing a program that will find commonalities amongst given snippets of DNA that can be correlated with individual survey information to identify new genetic markers.
A DNA base sequence is noted by listing the nitrogen bases in the order in which they are found in the molecule. There are four bases: adenine (A), thymine (T), guanine (G), and cytosine (C). A 6-base DNA sequence could be represented as TAGACC.
Given a set of DNA base sequences, determine the longest series of bases that occurs in all of the sequences.
Input
- A single positive integer m (2 <= m <= 10) indicating the number of base sequences in this dataset.
- m lines each containing a single base sequence consisting of 60 bases.
Output
Sample Input
3
2
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
3
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATACCAGATA
GATACTAGATACTAGATACTAGATACTAAAGGAAAGGGAAAAGGGGAAAAAGGGGGAAAA
GATACCAGATACCAGATACCAGATACCAAAGGAAAGGGAAAAGGGGAAAAAGGGGGAAAA
3
CATCATCATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
ACATCATCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AACATCATCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
Sample Output
no significant commonalities
AGATAC
CATCATCAT
Source
首先你必须遍历第一个串每一个子串长度的(60*60),然后求每一个子串的next[]数组,最大为60,最后和剩下的串进行比较,最大10*60,所以这道题最大的时间复杂度是(60*60*60*10*60),差不多刚好卡在时限左右
看代码:
#include<iostream>
#include<string.h>
#include<map>
#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<stdio.h>
#include<cmath>
#include<ctype.h>
#include<math.h>
#include<algorithm>
#include<set>
#include<queue>
typedef long long ll;
using namespace std;
const ll mod=;
const int maxn=+;
const int maxk=5e3+;
const int maxx=1e4+;
const ll maxe=+;
#define INF 0x3f3f3f3f3f3f
#define Lson l,mid,rt<<1
#define Rson mid+1,r,rt<<1|1
string a[];
int next[maxn];
void cal_next(string s)
{
int len=s.length();
int k=-;
next[]=-;
for(int i=;i<len;i++)
{
while(k>-&&s[k+]!=s[i])
{
k=next[k];
}
if(s[k+]==s[i]) k++;
next[i]=k;
}
}
bool kmp(string x,string y)
{
int k=-;
for(int i=;i<x.length();i++)
{
while(k>-&&y[k+]!=x[i])
{
k=next[k];
}
if(x[i]==y[k+]) k++;
if(k==y.length()-) return true;
}
return false;
}
int main()
{
int t,n,flag=;
scanf("%d",&t);
while(t--)
{
string ans="";
cin>>n;
for(int i=;i<n;i++)
{
cin>>a[i];
}
for(int i=;i<=a[].size();i++)//遍历每一个长度
{
for(int j=;j+i<=a[].size();j++)//取每一个子串
{
flag=;
string op=a[].substr(j,i);
cal_next(op);//求每个子串的next[]
for(int k=;k<n;k++)
{
if(!kmp(a[k],op))//和每一个串进行比较,看是否有不符合的,有点话直接break
{
flag=;
break;
}
}
if(flag==)
{
if(op.size()>ans.size()) ans=op;
else if(op.size()==ans.size()) ans=min(op,ans);
}
}
}
if(ans.size()<) cout<<"no significant commonalities"<<endl;
else cout<<ans<<endl;
}
return ;
}
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