医学研究者最近发现了某些新病毒,通过对这些病毒的分析,得知他们的DNA序列都是环状的。现在研究者已收集了大量的病毒DNA和人的DNA数据,想快速检测出这些人是否感染了相应的病毒。为了方便研究,研究者将人的DNA和病毒DNA均表示成由一些字母组成的字符串序列,然后检测某种病毒DNA序列是否在患者的DNA序列中出现过,如果出现过,这此人感染了该病毒,否则没有感染。例如,假设病毒的DNA序列为baa,患者1的DNA序列为aaabbba,则感染。患者2的DNA序列为babbba,则未感染。(注意:人的DNA序列是线性的,而病毒的DNA序列是环状的)。

研究者将待检测的数据保存在一个文本文件中,文件格式和内容规定如下:文件有num+1行,第一行有一个整数num,表示有num个待检测的任务(num<=300)。接下来每行i(2<=i<=num+1)对应一个任务,每行有两个数据,用空格分隔,第一个数据表示病毒的DNA序列(长度<=6000),第二个数据表示人的DNA序列(长度<=10000)。

要求将检测结果输出到文件中,文件中包括num行,每行有三个数据,用空格分隔,前两个数据分别表示输入文件中对应病毒的DNA序列和人的DNA序列,如果该人感染了对应的病毒,该行第三个数据则为“YES”,否则为“NO”。

思路:我直接采用的kmp算法,这能有效改善时间复杂度。考虑到病毒基因是环状的,所以弄了个循环来更新匹配数组的值,设置一个标记,用来判断是否匹配。注意要将匹配串清零,以防出错。

注意:有些让用BF来写,本文不再给出代码,可以参考代码写出一个BF函数即可。

  1. #include <iostream>
  2. #include<cstring>
  3. #include<cstdio>
  4. using namespace std;
  5. char str[12005],pat[12005],pat1[12005];//pat为模式串,str为主串
  6. int Next[12005]; //Next[x]下标x表示匹配失败处字符下标
  7. //模式串pat的前缀与x位置的后缀的最大匹配字符个数-1
  8. void GetNext(char *pat)
  9. {
  10. int LenPat = strlen(pat);
  11. int i = 0,j = -1;
  12. Next[0] = -1;
  13. while(i < LenPat)
  14. {
  15. if(j == -1 || pat[i] == pat[j])
  16. {
  17. i++,j++;
  18. Next[i] = j;
  19. }
  20. else
  21. j = Next[j];
  22. }
  23. }
  24. int KMP()
  25. {
  26. int LenStr = strlen(str);
  27. int LenPat = strlen(pat);
  28. GetNext(pat);
  29. int i = 0,j = 0;
  30. while(i < LenStr)
  31. {
  32. if(j == -1 || str[i] == pat[j])
  33. i++,j++;
  34. else
  35. j = Next[j];
  36. if(j == LenPat)
  37. return 1;
  38. }
  39. return -1;//没找到匹配位置
  40. }
  41. int main()
  42. {
  43. //freopen("输入文件夹名字","r",stdin); 从文件读取数据
  44. //freopen("输出文件夹名字","w",stdout); 输出重定向
  45. int n;
  46. scanf("%d",&n);
  47. while(n--)
  48. {
  49. scanf("%s%s",pat1,str);
  50. char s[6005];
  51. memset(pat,'\0',sizeof(pat));//每次将pat数组清零
  52. bool flag=false;
  53. strcpy(s,pat1);
  54. int len = strlen(s);
  55. strcat(pat1,s);
  56. for(int i=0;i<=len;++i)
  57. {
  58. for(int j=0;j<len;++j)
  59. {
  60. pat[j]=pat1[i+j];
  61. }
  62. //memcpy(pat,pat1+i,len);
  63. if(KMP()==1)
  64. {
  65. printf("Yes\n");
  66. flag=true;
  67. break;
  68. }
  69. }
  70. if(!flag)
  71. printf("No\n");
  72. }
  73. return 0;
  74. }

结果检测

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