motiMaker 软件安装测试

背景：

　　mitoMaker是一款线粒体/叶绿体组装的pipeline软件，可以从原始的下机数据开始，自动化的组装基因组，注释基因结构，最终生成genebank, fasta 等文件。 整个pipeline 可以分成6个主要步骤：

1）基于不同大小的kmer 值进行denovo 组装

2）查找对应的结构基因，并检测第一步组装的结果是否环化；

3） 从所有的组装结果中，挑选一个最佳的组装结果；

4）将最佳的组装结果作为参照，调用Mira 和 MITObim, 延长组装结果，并进行gap  close;进一步提升组装结果的质量

5) 基于第四步的组装结果，进行基因结构注释；

6）创建最终的结果目录，包含所有的结果（PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF and a stats logfile)

源代码：

　　https://sourceforge.net/projects/mitomaker/

安装：

wget https://sourceforge.net/projects/mitomaker/files/mitoMaker_1.14.tar.gz
tar xzvf mitoMaker_1.14.tar.gz
cd mitoMaker
python mitoMaker.py  --help

如果能正确显示帮助信息，说明安装成功！