python处理nii文件

第一步安装nibabel，可以使用命令：pip install nibabel

之后：

from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D as osd
import nibabel as nib

filename = 'image.nii'

img = nib.load(filename)

#输出文件信息
print(img)

w,h,q = img.dataobj.shape

#显示3D图像
osd(img.dataobj).show()

 

结果：

<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>
data shape (512, 512, 333)
affine:
[[  -0.82617199    0.            0.          204.01400757]
 [   0.           -0.82617199    0.          211.5       ]
 [   0.            0.            1.25       -431.97399902]
 [   0.            0.            0.            1.        ]]
metadata:
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'
sizeof_hdr      : 348
data_type       : b''
db_name         : b''
extents         : 0
session_error   : 0
regular         : b'r'
dim_info        : 0
dim             : [  3 512 512 333   1   1   1   1]
intent_p1       : 0.0
intent_p2       : 0.0
intent_p3       : 0.0
intent_code     : none
datatype        : int32
bitpix          : 32
slice_start     : 0
pixdim          : [1.       0.826172 0.826172 1.25     0.       0.       0.       0.      ]
vox_offset      : 0.0
scl_slope       : nan
scl_inter       : nan
slice_end       : 0
slice_code      : unknown
xyzt_units      : 2
cal_max         : 0.0
cal_min         : 0.0
slice_duration  : 0.0
toffset         : 0.0
glmax           : 0
glmin           : 0
descrip         : b''
aux_file        : b''
qform_code      : scanner
sform_code      : unknown
quatern_b       : 0.0
quatern_c       : 0.0
quatern_d       : 1.0
qoffset_x       : 204.014
qoffset_y       : 211.5
qoffset_z       : -431.974
srow_x          : [0. 0. 0. 0.]
srow_y          : [0. 0. 0. 0.]
srow_z          : [0. 0. 0. 0.]
intent_name     : b''
magic           : b'n+1'

 

各字段意义：

sizeof_hdr：sizeof_hdr 是保存文件的头文件大小，如果是NIFTI-1或者ANALYZE格式的文件sizeof_hdr=348.

 

dim_info：dim_info字段存储着频率编码方向（1,2,3），相位编码方向（1,2,3）和采集期间层选择方向（1,2,3），对于径向采集来讲，频率编码和相位编码都设置为0。

 

dim：short dim[8]保存着前面提到的图像的维度信息。如果第0维不是（1-7）之间的数字，那么这个数据具有相反的字节顺序，所以应该进行字节交换（NIFTI标准没有提供字节顺序的字段，提倡使用dim[0]）。

 

intent系列（影响到图像数据的读取和存储）

 

datatype和bitpix

datatype中存储的是数据的类型，可接受类型如下：

而bitpix字段必须与datatype中的代码所对应的bit(s)/pix的大小相等。

 

slice切片信息

包含字段：slice_start，slice_end, slice_code, slice_duration

slice_duration是存储功能磁共振成像采集的时间相关信息，需要与dim_info字段一起使用。

 

pixdim体素维度：每个体素维度信息都保存在pixdim[8]中，各自对应dim[8]，但pixdim[0]有特殊意义，其值只能是-1或1。前四个维度将在xyzt_units字段中指定。

 

vox_offset体素偏移量：vox_offset指 单个文件（.nii）图像数据的字节偏移量。

 

scl_slope和scl_inter数据缩放的斜率和截距

存储在每个体素中的值可以线性缩放到不同的单位。字段float scl_slope和float scl_inter定义一个斜率和一个线性函数的截距。数据缩放功能允许存储在比数据类型所允许的范围更广的范围内。但是，可以在相同的数据类型中使用缩放。对于rgb数据的存储，两个缩放字段都应该被忽略。对于复杂类型，它应用于实部和虚部。

 

cal_max 和cal_min数据显示

 存储标量数据的文件，这两个字段用来图像打开时默认显示范围。体素值小于等于cal_min的像素显示为显示范围中的最小值（灰度范围内通常为黑），大于等于cal_max的值显示为显示范围中的最大值（通常为白色），注意：这里并不是真实改变数据大小，而是改变显示大小。

 

xyzt_units 度量单位

在dim[1]和dim[4]中用到的空间和时间测量单元（对应各自的pixdim[1]和pixdim[4]），编码在xyzt_units字段中，1-3 bit用来存储空间维度，4-6 bit用来存储时间维度，6-7 bit没有使用。时间偏移量放在float toffset字段中，xyzt_units十进制编码如下：

 

descrip描述

该字段char descrip[80]可以包含最多80个字符的文本。标准中没有指定这个字符串是否需要被空字符终止

aux_file附加文件

包含额外信息的补充文件可放在该字段中

magic

该字符串声明文件符合NIFTI标准。
理想情况下，应该先检查该字段，如果字段中存储为”ni1”（或者是16进制的‘6E 69 31 00’），那么是.hdr/.img文件对形式；如果是’n+1’（或’6E 2B 31 00’），那么就是单一的.nii文件；而如果缺少字符串，那么就按照ANALYZE格式处理。