用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix
sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间。
使用也是相当简单:
library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
# str(M1)
想转回去,as.matrix() 就可以了。
参考:
Coercion of matrix tosparsematrix (dgCMatrix) and maintainingdimnames.
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