amber模拟kcl水溶液

最近刚开始学习amber软件，看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学，其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧，免得日后忘记。

一、构建kcl.pdb结构

　　利用GaussView构建结构，其实很简单，就分别选择K和Cl，然后在窗口点两下，保存成kcl.pdb。

二、利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件

　　①打开xleap，在命令行输入xleap

　　②导入spce水的leaprc文件，这个文件包含一些基本的离子的参数，我这里使用的是spce水。amber还自带有其他的水模型文件，在$AMBERHOME/dat/leap/cmd下面。

　　　　source leaprc.water.spce

　　　　kcl = loadpdb kcl.pdb

　　　　edit kcl

　　　　③修改kcl的原子类型和电荷

　　　　　　　　鼠标选择两个原子，然后Edit-Edit selected atoms，修改原子类型为K+、Cl-，这是因为第②导入的力场里面K、Cl的原子类型就是K+和Cl-。修改完之后保存

　　　　④设置盒子以及溶剂化

　　　　　　　　set kcl box { 30 30 30 } 

　　　　　　　　solvatebox kcl TIP3PBOX 0

　　　　⑤保存amber拓扑和坐标文件

　　　　　　　　　　saveamberparm kcl kcl-water-box.top kcl-water-box.crd

　　　　　　　　　　savepdb kcl kcl-water-box.pdb

三、跑能量最小化

　　最小化文件enmin.in如下，参数控制在&cntrl ... /里面，注释符号是啥我暂时还没搞清楚

Minimize

&cntrl

imin=1,

ntx=1,

irest=0,

maxcyc=2000,

ncyc=1000,

ntpr=100,

ntwx=0,

cut=8.0,

/

　　　　运行的指令，我写了个脚本，提交到课题组的服务器集群上面计并行算。MPIRUN和EXEC是相应的目录

MPIRUN=/opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun

EXEC=/home/lkq/mysoft/amber18/bin/sander.MPI

TOP=kcl-water-box.top

${MPIRUN} -np ${nprocs} ${EXEC} -O -i enmin.in -p ${TOP} -c kcl-water-box.crd -o kcl-min.out -r kcl-min.rst

四、跑npt系综

　　npt系综的文件npt.in如下

kcl: 100ps npt run

&cntrl

imin = 0,

irest = 0,

ntx = 1,

ntb = 2,

ntp = 1,

cut = 10,

ntc = 2,

ntf = 2,

tempi = 300.0,

temp0 = 300.0,

ntt = 3,

gamma_ln = 1.0,

nstlim = 50000, dt = 0.002

ntpr = 100, ntwx = 1000, ntwr = 1000

/

END

END

运行命令

${MPIRUN} -np ${nprocs} ${EXEC} -O -i npt.in -p ${TOP} -c kcl-min.rst -o kcl-npt.out -r kcl-npt.rst -x kcl-npt.mdcrd