centos7安装Amber16 && AmberTools

Centos7 安装amber16

1.准备下载好的amber（Amber16.tar.bz2）及tools（AmberTools16.tar.bz2）安装包：

$ cd MySoftware_home
$ tar xvfj Amber16.tar.bz2
$ tar xvfj AmberTools16.tar.bz2

两个压缩包会解压到一个名为amber16的文件夹里

2.设置AMBERHOME主目录环境变量：　

 $ export AMBERHOME=/home/myname/amber16　　# (for bash, zsh, ksh, etc.) 别忘记更改myname为自己的用户名

3.安装依赖的软件及软件库：

 $ sudo yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel tkinter openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker

4. 切换到amber目录，执行编译脚本：

$ cd $AMBERHOME
$ ./configure --help　　　　　　　　　　　　　　　　# 执行此命令可以看到不同的编译模式，不同的参数设置，我以前也什么都不懂，看完后理解就好很多
$ ./configure gnu　　　　　　　　　　　　　　　　　　# 使用gcc编译器编译

此命令会产生出amber.sh和amber.csh文件，这两个文件可以用于添加amber所需的环境变量。

5.添加可执行文件，python，库等环境变量信息：

$ source amber.sh　　　　　　　　　　　　　　　　　　# 添加环境变量信息，也可以自己手动在~/.bashrc中添加

6.编译安装：

$ make install　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　# 编译安装

7.编译测试：

$ make test　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　# 编译测试

8.多线程(openmpi)编译安装：

8.1 下载openmpi1.[5-9]安装包：

网址：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/

版本要求在$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi中有说明， mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-.[-]*/ >/dev/null | tail -n `

8.2 解压openmpi解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src：　

$ tar zxvf openmpi-1.6..tar.gz

8.3 在src目录编译，（如果本身系统已经装了openmpi合适版本，which mpirun命令返回openmpi的目录即可，就可以忽略8.2及8.3步骤）：

 $ ./configure_openmpi gnu (intel)　　　　　　　　# 编译，此命令会产生出amber.sh和amber.csh文件，这两个文件可以用于添加amber所需的环境变量。

8.4 添加环境变量（在前文定义好了amber相关环境变量的基础上）：

$ source $AMBERHOME/AmberTools/src/amber.sh

也可以手动添加环境变量：

 $ export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
 $ export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
 $ export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
 $ export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"　　　　# Note the value below may depend on your MPI implementation，因为某些测试中需要用到的线程较多，所以最好设置4个或8个

8.5 配置openmpi后，回到$AMBERHOME编译amber：

$ cd $AMBERHOME
$ ./configure -mpi gnu

8.6 Amber安装测试：

$ make install
$ make test

9.GPU版本编译安装：

9.1 显卡驱动及cuda8.0安装：

可参见链接：https://www.cnblogs.com/mar-q/p/7482720.html

设置环境变量，尤其是要设置CUDA_HOME：

#CUDA
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$CUDA_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

9.2 切换到amber目录，编译：

$ cd $AMBERHOME
$ make clean
$ ./configure -cuda gnu
$ ./configure -cuda -mpi gnu

9.3 安装测试

$ make install
$ make test

 

注：单行版及串行版都需要编译，这样可执行程序才会不缺少。

错误解决：

1. 如果编译过程出现Fatal Error: File 'netcdf.mod' opened at (1) is not a GFORTRAN module file错误：

这个错误需要回到$AMBERHOME/include文件夹内，把所有的netcdf.*文件全部删除，然后再重复上面的步骤5-6

2. make install过程中出现一个奇怪的错误，编译安装时，安装程序暂停止在以下命令，并且一天都跑不过去：

( cd parmed && /home/wangq/Programs/amber16/bin/amber.python setup.py install --no-setuptools -f --prefix=/home/wangq/Programs/amber16 --install-scripts=/home/wangq/Programs/amber16/bin ) 

按下 ctrl+c 大约5次，结束会程序，并报下面错误：

[wangq@localhost parmed]$ /home/wangq/Programs/amber16/bin/amber.python setup.py install --no-setuptools -f --prefix=/home/wangq/Programs/amber16 --install-scripts=/home/wangq/Programs/amber16/bin
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line , in <module>
    version=versioneer.get_version(),
  File "/home/wangq/Programs/amber16/AmberTools/src/parmed/versioneer.py", line , in get_version
    return get_versions()["version"]
  File "/home/wangq/Programs/amber16/AmberTools/src/parmed/versioneer.py", line , in get_versions
    pieces = from_vcs_f(cfg.tag_prefix, root, verbose)
  File "/home/wangq/Programs/amber16/AmberTools/src/parmed/versioneer.py", line , in git_pieces_from_vcs
    pieces["distance"] = int(count_out)  # total number of commits
ValueError: invalid literal for int() with base : "spawn ssh git@172.16.25.11\r\ngit@172.16.25.11's password: \r\n^Z^Z^Z^C"

经过多天的解决及google，还是没有发现解决问题的方法。。。

偶然情况下，在命令暂停时，按了多次 ctrl+z 及一次 ctrl+c 及多次 enter 后，编译过程进行到了下一步：

running install
running build
running build_py

但是程序又会停止在这一步，不动了。。偶然尝试，又按一次 ctrl+c 后，编译竟然顺利通过。

最后通过尝试，确定了解决方法，即：

当程序卡在第一阶段时，按一次 ctrl+c ，再按多次 enter ，就会到达第二阶段，然后再按多次 enter ，编译就会通过了，后来发现很多这种问题都可以通过这种方法解决，可能是自己电脑的问题！