bcftools合并vcf文件
见命令:
bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz
参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge
bcftools合并vcf文件的更多相关文章
- 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...
- 如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实 ...
- [Linux] vimdiff 快速比较和合并少量文件
纯文本文件比较和合并工具一直是软件开发过程中比较重要的组成部分,vimdiff 能够在比较出来的多处差异之间快速定位,很容易的进行文件合并操作.在需要快速比较和合并少量文件的时候,vimdiff是很好 ...
- 获取google翻译的音频文件_合并音频文件的方法
1. 把引文输入google 翻译,然后点击"朗读"
- Hadoop HDFS编程 API入门系列之合并小文件到HDFS(三)
不多说,直接上代码. 代码 package zhouls.bigdata.myWholeHadoop.HDFS.hdfs7; import java.io.IOException;import ja ...
- matlab批量合并txt文件
1: %% merge.m 2: %%%%Main程序%%%%%% 3: %%%%%% 4: %%%%%%本程序合并完各个子文件夹中的txt到主文件目录下,并且合并的文件以子文件夹名字命名 5: %% ...
- 合并Excel文件
//合并Excel文件 private void MargeExcelFile(string destFile, string dirPath) { DirectoryInfo dir = new D ...
随机推荐
- 结巴(jieba)分词
一.介绍: jieba: “结巴”中文分词:做最好的 Python 中文分词组件 “Jieba” (Chinese for “to stutter”) Chinese text segmentatio ...
- Servlet学习的一些笔记
Servlet一点笔记 Servlet:Server Applet,全称Java Servlet,是运行在Web服务器或应用服务器上的程序,它是作为来自Web浏览器或其他HTTP客户端的请求和HTTP ...
- npm 设置代理
设置代理 npm config set proxy http://username:password@server:portnpm config set https-proxy http://user ...
- C-Lodop设置页面一加载就打印
C-Lodop由于是服务不是np插件,调用打印语句(print或preview等)时机太早,在页面第一次加载完成后有几百毫秒时间等待WebSocket通讯服务准备完成,在没完成的时候会提示“C-Lod ...
- jQuery 操作Cookie
一个轻量级的cookie 插件,可以读取.写入.删除 cookie. 下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ (在实际中可以用这个保存cookie保存用户的习惯, ...
- Html5 拖拽api
拖拽要有两个元素,一个是要拖动的元素,一个是要放置到的元素. 1, 在默认情况下, 只有图片和文字是可以拖拽的,其它元素都不可以.因此要想使一个元素可拖动,必须设置它的draggable 属性为tru ...
- springMVC (优秀篇)
本文依然是复制的 Spring3 MVC结构简单,应了那句话简单就是美,而且他强大不失灵活,性能也很优秀. 官方的下载网址是:http://www.springsource.org/download ...
- Repository HDU - 2846 字典树
题意:给出很多很多很多很多个 单词 类似搜索引擎一下 输入一个单词 判断有一个字符串包含这个单词 思路:字典树变体,把每个单词的后缀都扔字典树里面,这里要注意dd是一个单词 但是把d 和dd都放字典树 ...
- 异步、+回调机制、线程queue、线程Event、协程、单线程实现遇到IO切换
# from concurrent.futures import ProcessPoolExecutor,ThreadPoolExecutor # import requests # import o ...
- python中raise的用法
有关于python里raise显示引发异常的方法: 当程序出错时,python会自动触发异常,也可以通过raise显示引发异常 一旦执行了raise语句,raise之后的语句不在执行 如果加入了try ...