bcftools合并vcf文件
见命令:
bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz
参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge
bcftools合并vcf文件的更多相关文章
- 【Bcftools】合并不同sample的vcf文件,通过bcftools
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的 ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...
- 如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实 ...
- [Linux] vimdiff 快速比较和合并少量文件
纯文本文件比较和合并工具一直是软件开发过程中比较重要的组成部分,vimdiff 能够在比较出来的多处差异之间快速定位,很容易的进行文件合并操作.在需要快速比较和合并少量文件的时候,vimdiff是很好 ...
- 获取google翻译的音频文件_合并音频文件的方法
1. 把引文输入google 翻译,然后点击"朗读"
- Hadoop HDFS编程 API入门系列之合并小文件到HDFS(三)
不多说,直接上代码. 代码 package zhouls.bigdata.myWholeHadoop.HDFS.hdfs7; import java.io.IOException;import ja ...
- matlab批量合并txt文件
1: %% merge.m 2: %%%%Main程序%%%%%% 3: %%%%%% 4: %%%%%%本程序合并完各个子文件夹中的txt到主文件目录下,并且合并的文件以子文件夹名字命名 5: %% ...
- 合并Excel文件
//合并Excel文件 private void MargeExcelFile(string destFile, string dirPath) { DirectoryInfo dir = new D ...
随机推荐
- Yii2的save()方法容易出错的地方
如果save()返回true, 但是数据没有保存成功,则应该是开启了事务且已经回滚 如果save()返回false, 则使用$model->errors查看错误原因 可以设置$model的场景, ...
- VS2017设置背景主题
一.VS2017设置背景主题 1.下载并安装Color Theme Editor for Visual Studio 2017和MoeIDE (图中红圈中的两个插件,工具-扩展和更新-联机-右上角搜索 ...
- idea -> Error during artifact deployment. See server log for details.
用idea导入eclipse工程,运行时,报Error during artifact deployment. See server log for details. 谷歌,最后发现是最新 tomc ...
- oracle NVL与Coalesce的区别
先来说一下用法上的区别 : nvl(COMMISSION_PCT,0)如果第一个参数为null,则返回第二个参数如果第一个参数为非null,则返回第一个参数 COALESCE(EXPR1,EXPR2, ...
- extensions
extensions.blocklist.enabled
- 51-node-1649齐头并进(最短路)
题意:中文题,没啥坑点: 解题思路:这道题一开始以为要跑两个最短路,后来发现不用,因为如果给定了铁路的线路,那么,公路一定是n个节点无向图的补图,所以,铁路和公路之间一定有一个是可以直接从1到n的,我 ...
- mybatis,mysql批量delete多个记录
1.dao 接口中 Integer delete(List<UserDeviceRela> relas); 2.xml <delete id="delete" p ...
- 浅析Android设备中grep命令处理流程
2017-04-18 概述 在TV开发板中,可以在串口中直接使用grep命令.这是因为在/system/bin/下有一个'grep'链接.这个链接指向'/system/bin/toolbo ...
- BZOJ4003[JLOI2015]城池攻占——可并堆
题目描述 小铭铭最近获得了一副新的桌游,游戏中需要用 m 个骑士攻占 n 个城池. 这 n 个城池用 1 到 n 的整数表示.除 1 号城池外,城池 i 会受到另一座城池 fi 的管辖, 其中 fi ...
- Going Home POJ - 2195(费用流)
就是一个简单题 四个月前a的一道题,今天又看到了,再a一遍吧. 好吧 我想多了 用了bfs求最短路 其实不用的 因为没有障碍物 #include <iostream> #include ...