参考：https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuy6YnbQPc3cuKbWqIy1k6SBFomuBEhdSpHkUUZED5fr2OTkh3_01_UomO4oOua-YE2A..
1、将sam文件转换成bam文件

$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam

$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam

2、提取比对到参考序列上的比对结果

$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam

3、提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可

$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam

提取没有比对到参考序列上的比对结果

$ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam

提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果，并保存到sam文件格式

$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam

9、samtool view的更多相关文章

  1. ASP.NET MVC搭建项目后台UI框架—8、将View中选择的数据行中的部分数据传入到Controller中

    目录 ASP.NET MVC搭建项目后台UI框架—1.后台主框架 ASP.NET MVC搭建项目后台UI框架—2.菜单特效 ASP.NET MVC搭建项目后台UI框架—3.面板折叠和展开 ASP.NE ...

  2. Dialog详解（包括进度条、PopupWindow、自定义view、自定义样式的对话框）

    Dialog详解(包括进度条.PopupWindow.自定义view.自定义样式的对话框)   Android中提供了多种对话框,在实际应用中我们可能会需要修改这些已有的对话框.本实例就是从实际出发, ...

  3. [转载]ExtJs4 笔记（11） Ext.ListView、Ext.view.View 数据视图

    本篇介绍两个用来展示数据的容器控件,分别是Ext.ListView和Ext.view.View.Ext.ListView就是大名鼎鼎的 Ext GridPanel的前身,不过现在的Ext4已经将它整合 ...

  4. ExtJs4 笔记（11） Ext.ListView、Ext.view.View 数据视图

    本篇介绍两个用来展示数据的容器控件,分别是Ext.ListView和Ext.view.View.Ext.ListView就是大名鼎鼎的Ext GridPanel的前身,不过现在的Ext4已经将它整合到 ...

  5. 一、restful规范 二、CBV(View)源代码执行流程 三、drf框架安装和简单使用

    一.restful规范 ''' 它是一个规范,面向资源架构 十条规范 1.API与用户的通讯协议,总是使用HTTPs协议,确保了网络传输的安全性 2.域名 --https://api.example. ...

  6. 关于Unity中stretch的分开使用、预制体、Scroll View的UI节点

    一.上次讲的菊花的四个花瓣,只讲了四个花瓣和在一起的时候的作用,现在是分开的菊花的四个花瓣的作用 1.创建一个Canvas2.对Canvas进行初始化3.创建一个Image的UI节点作为Canvas的 ...

  7. C#-MVC基础-模型(Model)、视图(View)和控制器(Controller)

    搜狗百科:http://baike.sogou.com/v25227.htm?fromTitle=MVC MVC全名是Model View Controller,是软件工程中的一种软件架构模式,把软件 ...

  8. Html.BeginForm 与Section、Partial View 和 Child Action

    该方法用于构建一个From表单的开始,他的构造方法为: Html.BeginForm("ActionName","ControllerName",FormMet ...

  9. 第十四章、Model/View开发：Model/View架构程序设计模式

    老猿Python博文目录 专栏:使用PyQt开发图形界面Python应用 老猿Python博客地址 一.简介 在PyQt和Qt中,Model/View架构是图形界面开发时用于管理数据和界面展现方式的关 ...

随机推荐

  1. php 实现简单抽奖

    首先有一组数据,里面有中奖的物品和概率 $base_data = [ ['name'=>'特等奖','num'=>1], ['name'=>'一等奖','num'=>5], [ ...

  2. 前端绘图方式Canvas和SVG的区别

    Canvas和SVG是html5中支持2种可视化技术,都是可以在画布上绘制图形和放入图片.下面来介绍和分析一下他们. 一.Canvas 和 SVG 简介 1.什么是Canvas? Canvas 是H5 ...

  3. 【并查集】关押罪犯（BSOJ2809）

    Description S城现有两座监狱,一共关押着N名罪犯,编号分别为1~N.他们之间的关系自然也极不和谐.很多罪犯之间甚至积怨已久,如果客观条件具备则随时可能爆发冲突.我们用“怨 气值”(一个正整 ...

  4. 图文了解 Kafka 的副本复制机制

    让分布式系统的操作变得简单,在某种程度上是一种艺术,通常这种实现都是从大量的实践中总结得到的.Apache Kafka 的受欢迎程度在很大程度上归功于其设计和操作简单性.随着社区添加更多功能,开发者们 ...

  5. JQuery- JQuery学习

    jQuery与JavaScript加载页面的区别 1.JavaScript传统的方式页面加载会存在覆盖问题,加载比jQuery慢(整个页面加载完毕<包含里面的其他内容,比如图片>) 2.j ...

  6. Java_注解_异常_01_ElementType cannot be resolved to a variable

    一.异常现象: 自定义注解时, @Retention和@Target都能导入进来,但是却报下列错误: RetentionPolicy cannot be resolved to a variable ...

  7. 谈MicroMessageTest的开始创建

    一开始,创建一个可以看到的jsp前端页面. 只不过不是用纯jsp页面访问,而是用Servlet doGet跳转至jsp页面,req.getRequestDispatcher(jsp页面的全称 还是全地 ...

  8. Json解析方式

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_628cc2b70101dydc.html

  9. 源码安装postgres10 in centos6.4

    文件夹路径 程序目录 /usr/pgsql 数据目录/usr/local/pgdata 准备工作 获得源码 mkdir /opt/soft_bak cd /opt/soft_bak wget http ...

  10. es6的foreach循环遍历

    forEach forEach是Array新方法中最基本的一个,就是遍历,循环.例如下面这个例子: 结果: 这段代码相当于: for (var k = 0, length = array.length ...