bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C.

Aid文件：
ID001.1
ID032.1
ID090.10

Bfilt文件：
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID055.1 XXX
6666666666666666666666666666666666666
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

要得到Cnew文件：
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;getline;print}}' Aid Bfilt >Cnew

这个十分慢；用 extractfastabyid 处理。

linux bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C的更多相关文章

  1. shell编程学习笔记（七）：Shell中将指定内容输出到文件中

    我们这里把echo要打印的内容输出到文件中 以下蓝色字体部分为Linux命令,红色字体的内容为输出的内容: # cd /opt/scripts # vim script06.sh 开始编写script ...

  2. 标准IO ——将A文件fpd第3个字节之后的内容复制到文件fps

    /* *使用标准IO ——将A文件fpd第3个字节之后的内容复制到文件fps 流程: 1.创建两个流,链接目标文件和源文件 2.输入流的基准点偏移四个单位然后输入缓冲区 3.输出流读取缓冲区数据送入文 ...

  3. 将windows控制台内容输出到文件中

    将windows控制台内容输出到文件中 dir>c:/file.txt 2>&1   对应的java  class   >c:/file.txt 2>&1   ...

  4. 【翻译自mos文章】对于每个文件的 file.id and file.incarnation number，重命名文件别名

    对于每个文件的 file.id and file.incarnation number,重命名文件别名 參考原文: Rename Alias of Datafile as Per file.id an ...

  5. Linux Bash脚本编程语言中的美学与哲学

    我承认,我再一次地当了标题党.但是不可否认,这一定是一篇精华随笔.在这一篇中,我将探讨Bash脚本语言中的美学与哲学. 这不是一篇Bash脚本编程的教程,但是却能让人更加深入地了解Bash脚本编程,更 ...

  6. linux过滤旧文件中的空行和注释行剩余内容组成新文件

    一.说明 在某些场景下我们想要将旧文件中空行和注释行过滤掉,将产生实际效果的行保留. 比如redis提供的配置示例文件中有很多用于说明的空行和注释行,我们想把产生实际效果的配置行筛选出来组成新的简洁的 ...

  7. Linux Bash 脚本：自己定义延迟代码块（裸数据保存方案）

    结合 alias 和 read 使用方法.能够保存一些将要延迟执行的脚本,或者裸数据(字符串不被扩展)到一个变量中.以备后用. $ alias BEGIN='read -d "" ...

  8. Linux bash脚本及常用命令--不断更新中

    1.如何在向alias命令传递参数: 这种用法的话就需要使用函数来配合使用. 如要cd到指定目录,并且ls当前目录下的文件可以使用:  alias cdls='cdls(){ cd $1; ls; } ...

  9. 一个java文件中有几个类，编译后有几个class文件？

    在一个源文件中用class关键字定义了几个类,编译的时候就会产生几个字节码文件

随机推荐

  1. PHP、Java、C#实现URI参数签名算法，确保应用与REST服务器之间的安全通信，防止Secret Key盗用、数据篡改等恶意攻击行为

    简介 应用基于HTTP POST或HTTP GET请求发送Open API调用请求时,为了确保应用与REST服务器之间的安全通信,防止Secret Key盗用.数据篡改等恶意攻击行为,REST服务器使 ...

  2. opener 属性是一个可读可写的属性，可返回对创建该窗口的 Window 对象的引用

    opener 属性是一个可读可写的属性,可返回对创建该窗口的 Window 对象的引用

  3. 解读Python内存管理机制

    转自:http://developer.51cto.com/art/201007/213585.htm 内存管理,对于Python这样的动态语言,是至关重要的一部分,它在很大程度上甚至决定了Pytho ...

  4. php总结：1.php介绍

    1.什么是php PHP,即“Hypertext Preprocessor”,是一种被广泛应用的开源通用脚本语言,尤其适用于 Web 开发并可嵌入 HTML 中去.它的语法利用了 C.Java 和 P ...

  5. php计算代码运行时间与内存使用的一段代码

    计算运行时间及内存使用,代码如下: <?php //开始计时 $HeaderTime = microtime(true);//参数true表示返回浮点数值 //代码 //... printf(& ...

  6. SqlServer中创建Oracle连接服务器

    转自太祖元年的:http://www.cnblogs.com/jirglt/archive/2012/06/10/2544025.html参考:http://down.51cto.com/data/9 ...

  7. Cocos2d-x第一个坑，NDK 编译环境

    这些天搭建windows cocos2d-x的环境,基本上崩溃到死.目前好转.终于可以编译通过: 生成模板工程:在cmd下进入cocos2d-x的主目录,D:\Android\cocos2d-x-2. ...

  8. Linux ps同时查找多个进程

    1.显示当前所有进程 SDCxM-SDCAM-root-root> ps aux USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT STAR ...

  9. 2016 Multi-University Training Contest 1 GCD RMQ+二分（预处理）

    链接:http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=5726 题意:有N(N <= 100,000),之后有Q(Q <= 100,000)个区间查询[ ...

  10. install ruby and ruby gem

    sudo apt-get install ruby #find an folder and: git clone https://github.com/rubygems/rubygems.git cd ...