简单来说：Program Files (x86)存放了一些32位的系统文件。它和正常的Program Files以及Windows文件夹一样，都属于系统文件夹，请勿随意改动。 64位Windows中提供了一种技术，Windows on Windows 64(即WoW64)。它可以使32位的应用程序正常地运行在64位的Windows中，这样用户在从32位到64位过渡的过程中，不会感受到很大的不便。为了能让32位的程序正常运行，64位的Windows中自带了一大部分的32位的系统文件，当32位程序运行的时候，系统会给它虚拟出一个32位的环境，这样32位程序会以为自己运行在32位Windows中。Windows的系统文件主要是存放
在%SystemDrive%\Program Files和%Windir%\System32中（即通常的C:\Program Files和C:\Windows\System32)。64位系统中，这两个文件夹存放的是64位的系统文件，为了存放32位的同名系统文件，64位系统中有另外两个文件夹与之对应，%SystemDrive%\Program Files (86)和%Windir%\SysWoW64（即通常的C:\Program Files (86)和C:\Windows\SysWoW64)。 
当32位程序需要访问Program Files或者System32中的文件时，系统会自动转向到Program Files (x86)或者SysWoW64中，这样32位的程序就可以正常的在64位Windows中运行了。类似的情况也发生在应用程序安装的时候，64位的程序一般都会被安装到Program Files中，而32位的程序则是装在Program Files (x86)中。

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