perl 脚本将phred33 转换为phred64

今天用fastx_tookit 时遇到问题， 我的fastq 文件的碱基质量值格式为phred33, 而fastq_tookit 默认碱基质量值的格式为phred64,

所以报错了，提示我的fastq文件中包含非法的碱基质量值，逗号

逗号的在ascii 码表中对应的十进制数字为44， 按照phred 33 格式，其对应的碱基质量值为11，如果按照phred64处理的化， 其质量值为-20，此时就会报错，

所以需要将碱基质量给位phred64 格式的，我没找到现有工具， 只能自己写了，虽然很慢， 但是能解决问题。代码如下：

 #!/usr/bin/perl
 use warnings;
 use strict;

 =pod
 将phred33 转换为phred64
 =cut

 my ($fastq) = @ARGV;
 my $raw_quality = ;
 my $new_quality = ;
 open FASTQ, $fastq or die "Can't open $fastq\n";
 while (my $id = <FASTQ>) {
     my $seq     = <FASTQ>;
     my $des     = <FASTQ>;
     my $quality = <FASTQ>;

     chomp($id);
     chomp($seq);
     chomp($des);
     chomp($quality);

     my @fmt_quality = map {chr(ord($_) - $raw_quality + $new_quality)} split //, $quality;
     $quality = join "", @fmt_quality;
     print qq{$id\n$seq\n$des\n$quality\n};
 }
 close $fastq;

将格式转换后，再运行fastx_tookit 中的fastx_quality_stats 就不会报错了