Motif discovery is in loose terms the problem of finding interesting patterns in sequences.

motif: interest patterns/ subsequences in sequences.

two ways:

1. operate directly on sequences of real numbers,

2. operate on sequences of symbols.

time series ======> SAX

Motif的更多相关文章

  1. homer进行motif分析 ChIP-seq

    http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOM ...

  2. ChIP-seq motif ROC 相关资料

    [怪毛匠子]独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40- ...

  3. DNA binding motif比对算法

    DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是 ...

  4. DNA motif 搜索算法总结

    DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al ...

  5. 16 Finding a Protein Motif

    Problem To allow for the presence of its varying forms, a protein motif is represented by a shorthan ...

  6. 14 Finding a Shared Motif

    Problem A common substring of a collection of strings is a substring of every member of the collecti ...

  7. 09 Finding a Motif in DNA

    Problem Given two strings ss and tt, tt is a substring of ss if tt is contained as a contiguous coll ...

  8. 根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME

    主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - ...

  9. 化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-principle ab initio folding|

    化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-pri ...

随机推荐

  1. Centos7 虚拟机安装增强功能

    1 yum update kernel -y yum install kernel-headers  kernel-devel gcc make -y init 6 2 菜单栏--设备--安装增强工具 ...

  2. PTA甲级B1061 Dating

    目录 B1061 Dating (20分) 题目原文 Input Specification: Output Specification: Sample Input: Sample Output: 生 ...

  3. 复习node中加载静态资源--用express+esj

    不做解释,代码一看就懂 app.js import express from 'express' import config from './config' const app = express() ...

  4. Web项目运行时tomcat服务器启动失败

    在实现项目的过程中,tomcat服务器启动失败的情况本人遇到了三种: 1.tomcat服务器的端口被占用. 可能的原因:a.服务器已经启动的时候你又一次启动了服务器 b.别的服务占用了服务器的端口(一 ...

  5. Open Live Writer(olw)博客写作软件

    前言 wlw似乎不再提供下载了,从微软的官网下载安装程序之后,无法联网下载olw组件,所以写博客改用olw. olw是wlw的开源版本,所以wlw上的操作是可以在olw上继续使用的. 关于wlw的知识 ...

  6. P3768 简单的数学题 [杜教筛,莫比乌斯反演]

    \[\sum_{i=1}^{n}\sum_{j=1}^{n} ij\gcd(i,j)\] \[=\sum_{d=1}^{n} d \sum_{i=1}^{n}\sum_{j=1}^{n} ij[\gc ...

  7. Oracle Solaris 10 重启后提示 Bad PBR sig

    Solaris 10 安装完毕重启后提示 Bad PBR sig 在磁盘分区的时候,默认自带的 overlap 不要删除,否则启动报错. 分区时,保留overlap(默认显示总容量大小)分区.安装操作 ...

  8. 如何处理pom文件中没有找到HUB检查到高危漏洞的依赖包

    最近使用HUB工具检查到maven工程中存在高危险漏洞,虽然定位到具体的引用包了,但是在pom文件中却没有发现该依赖包.此时,我们就需要用到这条命令mvn dependency:tree,该命令会将m ...

  9. Vuejs开发环境的搭建

    Windows系统上搭建VueJS开发环境 1.安装node.js:在node.js官网下载对应系统的msi包并安装 注:node的安装分全局和本地模式.一般情况下会以本地模式运行,包会被安装到和你的 ...

  10. deepin开机自动启动服务备忘

    systemctl enable mysql.service(设置开机自启) sudo systemctl start nginx.service sudo systemctl restart ngi ...