Motif discovery is in loose terms the problem of finding interesting patterns in sequences.

motif: interest patterns/ subsequences in sequences.

two ways:

1. operate directly on sequences of real numbers,

2. operate on sequences of symbols.

time series ======> SAX

Motif的更多相关文章

  1. homer进行motif分析 ChIP-seq

    http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOM ...

  2. ChIP-seq motif ROC 相关资料

    [怪毛匠子]独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40- ...

  3. DNA binding motif比对算法

    DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是 ...

  4. DNA motif 搜索算法总结

    DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al ...

  5. 16 Finding a Protein Motif

    Problem To allow for the presence of its varying forms, a protein motif is represented by a shorthan ...

  6. 14 Finding a Shared Motif

    Problem A common substring of a collection of strings is a substring of every member of the collecti ...

  7. 09 Finding a Motif in DNA

    Problem Given two strings ss and tt, tt is a substring of ss if tt is contained as a contiguous coll ...

  8. 根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME

    主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - ...

  9. 化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-principle ab initio folding|

    化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-pri ...

随机推荐

  1. MySQL常用命令.md

    链接数据库 ## -h/-u这些后面没有空格 ./bin/mysql -h[ip地址] -P[端口号] -u[用户名] -p[密码] 查看建表语句 show create table [table_n ...

  2. Network Emulator for Windows Toolkit(模拟弱网络环境的软件)

    前言和下载地址 用户会在各种网络环境下使用我们的app,pc应用,我们决不能祈求用户的网络环境都是稳定的,因此我们需要模拟出弱网络的情况,用来测试我们的APP在弱网络环境下的表现如何. Network ...

  3. PHP Help Guideds

    how does php work with Apache? https://stillat.com/blog/2014/04/02/how-does-php-work-with-the-web-se ...

  4. Java数列循环左移

    描述 有n个整数组成一个数组(数列).现使数列中各数顺序依次向左移动k个位置,移出的数再从尾部移入.输出移动后的数列元素. 题目没有告诉你n的范围,要求不要提前定义数组的大小. 另外要求定义并使用函数 ...

  5. CSS标题线（删除线贯穿线效果）实现之一二

    缘起 其实看到这个问题,心里已经默默把代码已经码好了~,不就想下面这样嘛:JSBIN代码示例 嗯,是的,我们日常确实基本上就是用的这种方式,也没啥问题呀~,来个背景色定下位就欧拉欧拉的了. 不过,因为 ...

  6. JAVA8List排序，（升序，倒序）

    List<Integer> integerList = Arrays.asList(4, 5, 2, 3, 7, 9); List<Integer> collect = int ...

  7. P3292 [SCOI2016]幸运数字 [线性基+倍增]

    线性基+倍增 // by Isaunoya #include <bits/stdc++.h> using namespace std; #define rep(i, x, y) for ( ...

  8. array every

    every() 方法测试一个数组内的所有元素是否都能通过某个指定函数的测试.它返回一个布尔值.

  9. How Many Tables HDU - 1213

    #include<iostream> using namespace std; ; int p[N]; int find(int x) { if(p[x]!=x) p[x]=find(p[ ...

  10. 【Vue2.x笔记1】数据响应式原理

    1.Object.defineProperty Vue2.x 使用Object.defineProperty 将 Vue 实例中的data对象全部转为getter/setter.在内部让 Vue 能够 ...