perl 模块的创建以及制定perl 模块的路径

1） perl 模块的创建

perl 模块的后缀名为.pm, 其中的内容和一般的perl脚本相同， perl模块中通常放置可重用的函数以及变量，

比如创建一个fasta.pm,里面包含一个统计fasta序列中gc碱基个数的方法：

 #/usr/bin/perl
 package fasta;
 use warnings;
 use strict;

 sub run {
     my $seq = shift;
     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;

 }    

 ;

然后写一个脚本检测一下该模块是否起作用：

#!/usr/bin/perl
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

运行该脚本，输出结果为7， 可以看出结果确实是GC碱基的个数；

这个测试的脚本和fasta.pm 是放在同一个目录下的， 当脚本和模块放置在不同的目录时，

为了使用该模块， 就必须指定模块所在目录；

2) 指定perl模块目录

比如fasta.pm 所在目录为/home/xudl/perl

第一种方式： 设置环境变量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

然后source ~/.bashrc 使这个新修改的环境变量生效即可；

第二种方式， 在脚本中使用use lib

use  lib "/home/xudl/perl"；

然后就可以使用

use fasta;