DNA序列(JAVA语言)

package 第三章习题;

/*

 * 输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量小。

 * 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，

 * 例如，ACGT和GCGA的Hamming距离为2（左数第1, 4个字符不同）。

输入整数m和n（4≤m≤50, 4≤n≤1000），

以及m个长度为n的DNA序列（只包含字母A，C，G，T），

输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。

如有多解，要求为字典序最小的解。

例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGATAC。

TATGATAC

TAAGCTAC

AAAGATCC

TGAGATAC

TAAGATGT

 */

import java.util.*;

public class DNA序列 {






public static void main(String[] args) {


// TODO Auto-generated method stub


Scanner in=new Scanner(System.in);


int m=in.nextInt();


int n=in.nextInt();


String s[]=new String[m];


for(int i=0;i<m;i++) {


s[i]=in.next();


}


String str = "";

for(int i=0;i<n;i++)


{


int A=0,C=0,G=0,T=0;


for(int j=0;j<m;j++) 


{

if(s[j].charAt(i)=='A')A++;


else if(s[j].charAt(i)=='C')C++;


else if(s[j].charAt(i)=='G')G++;


else if(s[j].charAt(i)=='T')T++;

}


str+=max(A,C,G,T);


}


System.out.println(str);


}






private static char max(int A, int C, int G, int T) {


// TODO Auto-generated method stub


int a[]=new int[4];


a[0]=A;


a[1]=C;


a[2]=G;


a[3]=T;


int max=a[0];


for(int i=1;i<4;i++) {


if(a[i]>max) {


max=a[i];


}


}


if(max==A) {


return 'A';


}


else if(max==C) {


return 'C';


}


else if(max==G) {


return 'G';


}


else if(max==T) {


return 'T';


}


return ' ';


}





}