转自 http://www.yelinsky.com/blog/archives/278.html 稍有修改 默认位点为"CCGG".其他位点分析可修改脚本中的 my $site = 'CCGG';和 my $n = 2; #!/usr/bin/perl -w use strict; use Getopt::Long; use Bio::SeqIO; my %opts; GetOptions(\%opts, "i=s", "o=s"); if (…

1基本概念 购物篮事务(market basket transaction),如下表,表中每一行对应一个事务,包含唯一标识TID,和购买的商品集合.本文介绍一种成为关联分析(association analysis)的方法,这种方法,可以从下表可以提取出,{尿布}->牛奶. 两个关键问题:1大型数据计算量很大.2发现的某种模式可能是虚假,偶然发生的. 2问题定义 把数据可以转换为如下表的二元表示,非二元不在本文讨论范围 项集 项集的支持度计数: 关联规则: 我们要发现,满足最小支持度与最小置信度…

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一.生存分析(survival analysis)的定义 生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科. 生存分析:既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对生存时间的分布特征进行描述,对影响生存时间的主要因素进行分析. 生存分析不同于其它多因素分析的主要区别点:生存分析考虑了每个观测出现某一结局的时间长短. 应用场景 什么是生存?生存的意义很广泛,它可以指人或动物的存活(相对于死亡),可以是患者的病情正…

当偶尔一切操作很花的时间很慢,而大多数操作的时间都很快的时候,平摊分析的方法就很很好用了.在平摊分析中,我们分析一串操作并且可以得到最坏情况下的平均时间复杂度.例如hash table, disjoint set 和splay tree都是用平摊分析算法的. 举一个简单的hash table的插入算法,我们怎么来定义hash table的大小呢?这是一个时间和空间的权衡(trade-off).如果让hash table空间大的话,那搜索的时间会变慢,如果空间小,不一定能存的下数据. 解决这种权衡…

LoadRunner 最重要也是最难理解的地方--测试结果的分析.其余的录制和加压测试等设置对于我们来讲通过几次操作就可以轻松掌握了.针对 Results Analysis 我用图片加文字做了一个例子,希望通过例子能给大家更多的帮助.这个例子主要讲述的是多个用户同时接管任务,测试系统的响应能力,确定系统瓶颈所在.客户 要求响应时间是1 个人接管的时间在5S 内. 2.系统资源: 2.1 硬件环境: CPU:奔四2.8E 硬盘:100G 网络环境:100Mbps 2.2 软件环境: 操作系统:英文…

一 . 前言 Django 提供了admin 组件 为项目提供基本的管理后台功能(对数据表的增删改查). 本篇文章通过 admin源码 简单分析admin 内部原理 ,扩展使用方式,为以后进行定制和自己开发组件做铺垫. 二. 简单使用 1.在app 目录下的admin.py 中通过注册表 from django.contrib import admin from blog01.models import * admin.site.register([UserInfo,User,Blog]) #…

本周的内容是Amortized Analysis,是对算法复杂度的另一种分析.它的基本概念是,给定一连串操作,大部分的操作是非常廉价的,有极少的操作可能非常昂贵,因此一个标准的最坏分析可能过于消极了.因此,其基本理念在于,当昂贵的操作特别少的时候,他们的成本可能会均摊到所有的操作上.如果人工均摊的花销仍然便宜的话,对于整个序列的操作我们将有一个更加严格的约束.本质上,均摊分析就是在最坏的场景下,对于一连串操作给出一个更加严格约束的一种策略. 均摊分析与平均情况分析的区别在于,平均情况分析是平均所…

之前我们讨论了渐进分析,最佳最坏平均情况的分析以及渐进符号.在这一篇中我们分析一下迭代的简单程序. 1. O(1): 如果程序中没有包含任何的循环,递归或者任何的非常数时间的函数,我们就说这个程序的时间复杂度为O(1).例如简单的swap()函数就是O(1) // Here c is a constant ; i <= c; i++) { // some O(1) expressions } 这个程序也是O(1)因为C是常数.所以整个程序可以再常数时间内完成. 2.O(n): 如果循环计数器用一…