比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi…

python使用matplotlib画图 matplotlib库是python最著名的画图库.它提供了一整套和matlab类似的命令API.十分适合交互式地进行制图. 先介绍了怎样使用matplotlib进行柱状图的绘制 使用matplotlib进行柱状图的绘制仅仅须要三个步骤 第一:导入matplotlib包 第二:调用bar函数进行设置 第三:调用show( )将其显示就可以 当中bar函数提供了很多參数,比如left.height.width.label.yerr等等,以下进行一一说明:…

如何在Python中快速画图--使用Jupyter notebook的魔法函数(magic function)matplotlib inline 先展示一段相关的代码: #we test the accuracy of knn and find the k which makes the biggest accuracy k_range=list(range(1,26))#[1,25] scores=[] for k in k_range: knn=KNeighborsClassifier(n_…

炼数成金数据分析课程---10.python中如何画图 一.总结 一句话总结: 主要matplotlib库,pandas中也可以画一些基础图 大纲+实例快速学习法 1.matplotlib的最简单画图操作是什么? 1.import matplotlib.pyplot as plt 2.plt.plot([1,2,3,2,3,2,2,6]) #这是y数据,自动生成x轴数据 3.plt.show() import matplotlib.pyplot as plt #####matplotlib创建图…

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools…

一.使用matplotlib画图 关注公众号"轻松学编程"了解更多. 使用matplotlib画柱形图 import matplotlib from matplotlib import pyplot as plt #数据视图 #配置字体 matplotlib.rcParams["font.sans-serif"] = ["simhei"] # 黑体 matplotlib.rcParams["font.family"] = &q…

经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.…

### Python的强大很大一部分原因在于,它提供有很多已经写好的,可以现成用的对象 学习参考: http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2013/01/30/2879700.html…

在matplotlib.plot生成的统计图表中,中文总是无法正常显示.在网上也找了些资料,说是在程序中指定字体文件,不过那样的话需要对plot进行很多设置,而且都是说的设置坐标轴标题为中文,有时候图例的字体也无法改正. 原因:matplotlib默认字体并不是中文字体. 解决方法:将某中文字体设为默认首选字体,本文拟将默认字体设为 微软雅黑 . 环境:win7 x64, python2.7 过程: 在python的安装目录中找到配置文件:%Python_Home%\Lib\site-packa…

学到<父与子编程之旅>的16章了,跟书上的例子进行学习,学会了画圆,我又找到了画线的方法,于是就可以在screen上画日本国旗了: 手动画的不好看,也可以不手动画,直接画线: 当然也可以直接画个矩形套在外面: 代码如下: import pygame,sys from pygame.locals import * print pygame.ver pygame.init() screen = pygame.display.set_mode([,]) color=(,,) points=[] sc…