C++使用htslib库读入和写出bam文件

【C++使用htslib库读入和写出bam文件】的更多相关文章

C++使用htslib库读入和写出bam文件

有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace…

NIO学习：buffer读入与写出（文件复制示例）

FileInputStream fInputStream=new FileInputStream(new File("/root/Desktop/testImage.jpg")); FileOutputStream fOutputStream =new FileOutputStream(new File("/root/Desktop/testImage2.jpg")); FileChannel fcIn=fInputStream.getChannel(); File…

将JSON对象带有格式的写出到文件中

需求:将一个JSON对象写出到文件中,要求文件中的JSON数据带有简单的格式.代码的实现参考了Java算法中的栈处理括号匹配问题.好了,不多说了,下面是代码的实现. 代码: package gemu.test.json; import java.io.File; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; import java.io.Writer; import net.sf.json.JSONArray; public cla…

Objective-C写出Json文件(可作配置文件)

p.p1 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 18.0px "PingFang SC"; color: #008f00 } span.s1 { } span.s2 { font: 18.0px Menlo } 自己想尝试一下自己写出json文件,或许可以用来写一些配置文件的内容,比如说是不同的设备的型号的不同的字体.颜色,或者说是要展示一些内容的时候根据这个json文件来写明不同的内容显示成不同的字体.颜色.当然可能并没说会有这种需求.那都…

Python读入与写出中文时出现乱码

解决办法:重置sys模块,设置默认编码方式为utf-8. 在.py文件的开头添加下面两行代码: reload(sys) sys.setdefaultencoding('utf8')…

MapReduce实例——求平均值，所得结果无法写出到文件的错误原因及解决方案

1.错误原因 mapreduce按行读取文本,map需要在原有基础上增加一个控制语句,使得读到空行时不执行write操作,否则reduce不接受,也无法输出到新路径. 2.解决方案原错误代码 public void map(Object key,Text value,Context context) throws IOException, InterruptedException { String line=value.toString(); System.out.println(line);…

Java IO流的写入和写出操作 FileInputStream和FileOutputStream

今天学习了Java的IO流,关于文件的读入和写出,主要是FileInputStream和FileOutputStream来实现,这两个流是字节流.还有字符流(FileReader和FileWriter),字符流只能处理文本文件,字节流可以处理图片,视频等. 话不多说,直接上代码.代码实现了一个文件的拷贝操作. @Test public void test() { long start = System.currentTimeMillis(); String src = "F:/ioStudy/f…