RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇

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RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装最简单的安装方法,注意版本下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is…

使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系…

RNA -seq

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异等在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

鸿蒙内核源码分析(进程回收篇) | 老父亲如何向老祖宗临终托孤 ? | 百篇博客分析OpenHarmony源码 | v47.01

鸿蒙内核源码分析(特殊进程篇) | 龙生龙,凤生凤,老鼠生儿会打洞 | 百篇博客分析OpenHarmony源码 | v46.02

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