admixture 群体结构分析

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admixture 群体结构分析

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash…

重测序（RADseq）做群体遗传分析套路

实验材料构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD…

【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所一. 研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

【转】群体研究套路：开心果denovo+重测序+转录组+群体进化+选择位点

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因…

群体结构图形三剑客——PCA图

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是…

【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell

目录一.前沿概述二.主要结果重测序.组装与注释泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化,WGD事件基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联一.前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联合发表大豆泛基因组,这篇文章具有里程碑意义,预示着作物泛基因组时代到来.今年水稻泛基因组同样的策略发在cell. 大豆泛基因组的…

【豆科基因组】大豆(Soybean, Glycine max)经典文章梳理2010-2020

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science…