1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di…

#!/usr/bin/python import re import sys import gzip change={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C','N':'N'} CODE = { 'GCA' : 'A', 'GCC' : 'A', 'GCG' : 'A', 'GCT' : 'A', 'TGC' : 'C', 'TGT' : 'C', # Cysteine 'GAC' : 'D', 'GAT' : 'D', # Aspartic Acid 'GAA' : 'E…

一.GFF简介 GFF是仿QQ界面,通信基于SAEA.MessageSocket.SAEA.Http.SAEA.MVC实现包含客户端和服务器的程序,源码完全公开,项目源码地址:https://github.com/yswenli/GFF ,大家可以去我的github了解,欢迎follow,star与fork. GFF消息采用高性能基于IOCP模型的tcp实现,文件采用http实现,代码简洁,一目了然,非常适合想要了解聊天通信关键技术的朋友. 二.运行界面 GFF已实现了消息.表情.图片.截图等关…

高通APQ8074 spi 接口配置 8074 平台含有两个BLSP(BAM Low-Speed Peripheral) , 每一个BLSP含有两个QUP, 每一个QUP可以被配置为I2C, SPI, UART, UIM接口, BLSP是高通对于低速接口的一种管理方式. 每个QUP是和特定的引脚相关的, 如下图所示,比如下面的引脚是属于BLSP8的, 也就是第二个BLSP的第二个QUP, 注意这些引脚只能被配置到第二个BLSP的第2个QUP上,可以通过继续查看高通相关资料 QUP的中断相关信息…

使用“基本配置”或“自定义配置”配置 BizTalk Server. 基本配置与自定义配置       如果配置使用域组,则进行“自定义配置”. 如果配置使用自定义组名称而不是默认组名称,则进行“自定义配置”. 如果配置使用自定义数据库名称而不是默认数据库名称,则进行“自定义配置”. 如果 BizTalk Server 和 SQL Server 位于单独的计算机上,则需要使用域组. 因此,应进行“自定义配置”. 不能使用“基本配置”在 SQL Server 命名实例上配置 BAM 分析. 如果使…

首先在linux 里配置conda 下载 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh chmod +x Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh 安装完毕,如果忘记选择yes,敲conda命令报错“command not found" 加上source /root/…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

https://github.com/PacificBiosciences/GenomicConsensus GenomicConsensus 是pacbio开发的,我个人非常不喜欢pacbio开发的工具,很难用. 安装这个GenomicConsensus也是废了我快半条老命. 这个工具的目的:Compute genomic consensus and call variants relative to the reference. 就是用一些reads来对最终的ref来进行纠错,这个模型适用性…

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib…

Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu…