格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后…

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e…

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h…

详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视.不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死.所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧. 请不要因为篇幅长,而觉得很困难,只是为了初学者能懂,叙述比较详(luo)细(s…

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是…

SSH 密令控制台 user/pwd 一:停止tomcat 1,cd .. 进入根目录 2,cd home/ 3,ll 4,cd bin/ 进入tomcat bin目录 5,ll 6,ps -ef | grep conf 过滤进程  7,kill -9 进程编号 8,发布class文件 二:发布后重启tomcat   8,./startup.sh ============================================= bzip2recover 功能说明:用来修复损坏的.bz2…