【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus

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【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件.java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件.而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析,MSGF+的表现也是非常不错的(一下子找不到文献出处~~). Github源码:https://github.com/MSGFPlus/msgfplus 支持的输入格式包括:mzML, mzXML, Mascot Generic File (mgf),…

【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上.不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样).毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰. 主要特点: 支…

【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲.而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据.但在业内用得比较多,尤其是在学术界(因为大部分科研人员只会鼠标点点框).蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器,因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索. 除了蛋白鉴定定量,PD还可以做质谱数据的转化.但是我之前比较过,PD转化的结果…

【3】蛋白鉴定软件之Mascot

目录 1.简介 2.配置 2.1在线版本 2.2 服务器版本 3.运行 3.1 在线版本 3.2 服务器版本 4.结果 1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件,被Frost & Sullivan形容为"质谱数据检索的黄金标准",更新维护速度也很快(已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7).but,它是商业软件(国内康昱盛代理),收费.虽然有在线版本,但仅支持少量谱图检索,只能体验一下.大规模的蛋白组搜索必须使用它们的服务器.简…

【2】蛋白鉴定软件之Comet

目录 1.简介 2.下载安装 3.软件使用 4.结果 1.简介官网:http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发,持续更新,免费开源适用Windows/Linux 多线程,支持多种输入输出格式:输入谱图文件(mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2),输出.pep.xml/.pin.xml/.sqt/.out等文件运行: comet.exe input.mzXML comet.exe input.mzML comet.exe input…

【1】蛋白鉴定软件之X!Tandem

目录 1. 简介 2.下载安装 3. 软件试用 4. 结果 5. FAQ 1. 简介 X!Tandem是GPM:The Global Proteome Machine(主要基于Web的开源用户界面,用于分析和显示蛋白质鉴定数据.关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html)中的一个成员,此外还有X! P3 .X! Hunter等工具.顾名思义,X!表示X! series搜索引擎,Tandem表示串联质谱,所以X!Tandem用于串联质谱数据分析…