# download (1) python wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.9/python-2.7.9.amd64.msi (2) pymol wget http://tubiana.me/download/pymol-64-bit-windows/?wpdmdl=545 # install cd E:\pymol\Pymol_win_64\Pymol_win_64 echo Wheel installation C:\Python27\S…

cp renumber.py /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pymol import renumber or run /path/to/renumber.py…

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R…

如何用Pymol做出那些美呆的结构图(基础篇) 2016-10-31  翾园  摘自 BioEngX生化...  阅 1079  转 6 转藏到我的图书馆   微信分享:   摘自微信公众号:BioEngX生化工程实验室 小伙伴们在阅读文献的时候是不是经常会看到那种美呆了的蛋白质结构图,比如这样的.这样的.还有这样的...... 认真的小伙伴在这些论文配图的注解里一定看过这么一句话:“The image was generated in Pymol” (Reference 1) 今天,小编就简单…

转载于 https://mp.weixin.qq.com/s/P62sjqhSTxmWVicrEAk-RQ 为了简化展示过程,我们设计了一个pml脚本 (脚本内有很详细的解释),只需要修改脚本里面受体和配体的名字,然后在PyMOL的命令行界面输入PyMOL> run display.pml即可获得展示结果.当然这个脚本也可以使用程序generatePmlForHbond.py生成. #########################################################…

https://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install…

qtiplot在win下没那么好编译 依赖很多外部包的 scidavis 和 labplot是从他fork出来的 比较接近Origin 可以用这两个 FreeBSD 的 ports 里有直接 cd /usr/ports/math/qtiplotmake install即可看了一下依赖的包比较多 编译起来应该比较费事 https://www.ezsmth.com/topic/Python/110039…

蛋白: 数据库 1. 蛋白晶体结构数据库 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 2. 蛋白注释数据库 http://www.uniprot.org/ 工具 1. rasmol 2. pymol 化合物 数据库 1. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 工具 1. http://openbabel.org/wiki/Main_Page 活性 数据库 1. http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp…

Is there a way to save a protein-ligand complex as a PDB file in AutoDock? I have completed my dockings of a ligand to a protein.  Is there a way to save a protein-ligand complex as a PDB file in AutoDock? Extracting Dockings from DLG Files AutoDock…

虽然很不愿意在windows上折腾python,但有时linux不在身边的时候还得在windows上写代码.很久之前找到这个地址,后来忘了,今天搜了半天才把它找到,所以记录一下. http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 以上页面提供各种编译好的各种版本的库下载:   ipython netcdf4 pycurl pyfftw pycuda pyalembic sfepy ta-lib sphinx pillow kwant tinyarray pyy…