TBLASTN search translated nucleotide databases using a protein query…

基因结构预测中同源注释策略,将mRNA.cDNA.蛋白.EST等序列比对到组装的基因组中,在文章中通常使用以下比对软件: tblastn gamp exonerate blat 根据我的实测,以上软件整体都比较慢.gmap可设置多线程来提升速度.tblastn虽然也可以,但对提速没什么影响.exonerate和gamp巨吃内存. 以下是跑的资源情况.我的组装基因组约400Mb.tblastn的查询序列311764条,gmap的查询序列1483791条,exonerate的查询序列43632条.…

Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较: Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系: Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用: Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用…

to 2.2.30 cd /usr/bin sudo su mv blastdb_aliastool blastdb_aliastool_2.25 mv blastdbcheck blastdbcheck_2.25 mv blastdbcmd blastdbcmd_2.25 mv blast_formatter blast_formatter_2.25 mv blastn blastn_2.25 mv blastp blastp_2.25 mv blastx blastx_2.25 mv con…

catalog . postgresql简介 . 文件读取/写入 . 命令执行 . 影响范围 . 恶意代码分析 . 缓解方案 1. postgresql简介 PostgreSQL 是一个自由的对象-关系数据库服务器(数据库管理系统),它在灵活的 BSD-风格许可证下发行.它提供了相对其他开放源代码数据库系统(比如 MySQL 和 Firebird),和专有系统(比如 Oracle.Sybase.IBM 的 DB2 和 Microsoft SQL Server)之外的另一种选择 0x1: 优点 .…

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随…

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…

blast+有三大工具类型: 功能 search database filter 命令 blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdbcmd segmasker, dustmasker, and windowmasker.                         1.…

search tools:blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn 1.blastn: 核酸序列vs核酸库 $blastn -query file-in  -db database  -out file_out  -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5  -num_threads 4  -outfmt format "7 qacc sacc evalue…