R语言数据挖掘相关包总结-转帖

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合. 1.聚类常用的包: fpc,cluster,pvclust,mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats 2.分类常用的包: rpart,party,rand…

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据--转载

转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多boxplot参数 - 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据 - 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析 - 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析 - 用突变数据做生存分析 - 多个基因在多…

R语言中文分词包jiebaR

R语言中文分词包jiebaR R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大. R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒.直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器.随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长.现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网-.都在使用R语言. 要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创新精神,把R语言发挥到各个领域…

R语言︱H2o深度学习的一些R语言实践——H2o包

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- R语言H2o包的几个应用案例笔者寄语:受启发想了解H2o平台的一些R语言实现,网上已有一篇H2o的demo文件.笔者在这多贴一些案例,并且把自己实践的一些小例子贴出来. 关于H2o平台长啥样,可以看H2o的官网,关于深度学习长啥样,可以看一些教程,比如ParallelR博客之中的解析. 下面主要是贴几个案例,让大家看看. ----------…

R语言：recommenderlab包的总结与应用案例

R语言:recommenderlab包的总结与应用案例 1. 推荐系统:recommenderlab包整体思路 recommenderlab包提供了一个可以用评分数据和0-1数据来发展和测试推荐算法的框架.它提供了几种基础算法,并可利用注册机制允许用户使用自己的算法recommender包的数据类型采用S4类构造. (1)评分矩阵数据接口:使用抽象的raringMatrix为评分数据提供接口.raringMatrix采用了很多类似矩阵对象的操作,如 dim(),dimnames() ,row…

R语言︱文本挖掘——jiabaR包与分词向量化的simhash算法（与word2vec简单比较）

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- <数据挖掘之道>摘录话语:虽然我比较执着于Rwordseg,并不代表各位看管执着于我的执着,推荐结巴分词包,小巧玲珑,没有那么多幺蛾子,而且R版本和python版本都有,除了词性标注等分词包必备功能以外,jiebaR还加入了一些基础的文本分析算法,比如提取关键字(TFIDF).分析文本相似性等等,真是老少咸宜. 同时官网也有一个在线jieba…

R语言文件相关的操作

1. 文件系统介绍 R语言对文件系统的操作,包括文件操作和目录操作,函数API都定义在base包中. 2. 目录操作 2.1 查看目录查看当前目录下的子目录. # 启动R程序 ~ R # 当前的目录 > getwd() [1] "/home/conan/R/fs" # 查看当前目录的子目录 > list.dirs() [1] "." "./tmp" 查看当前目录的子目录和文件. > dir() [1] "readme…

R语言中常用包（二）

数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据 feather:一种快速,轻量级的文件格式.在R和python上都可使用readr:实现表格数据的快速导入.中文介绍可参考这里readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据googlesheets:读取google电子表格数据haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据httr:从网站开放的API中读取数据rvest:网页数据抓取包xml2:读取HTML和…

用R语言的quantreg包进行分位数回归

什么是分位数回归分位数回归(Quantile Regression)是计量经济学的研究前沿方向之一,它利用解释变量的多个分位数(例如四分位.十分位.百分位等)来得到被解释变量的条件分布的相应的分位数方程. 与传统的OLS只得到均值方程相比,分位数回归可以更详细地描述变量的统计分布.它是给定回归变量X,估计响应变量Y条件分位数的一个基本方法:它不仅可以度量回归变量在分布中心的影响,而且还可以度量在分布上尾和下尾的影响,因此较之经典的最小二乘回归具有独特的优势.众所周知,经典的最小二乘回归是针对因…

R语言文本挖掘 tm包使用

#清除内存空间 rm(list=ls()) #导入tm包 library(tm) library(SnowballC) #查看tm包的文档 #vignette("tm") ##1.Data Import 导入自带的路透社的20篇xml文档 #找到/texts/crude的目录,作为DirSource的输入,读取20篇xml文档 reut21578 <- system.file("texts", "crude", package = &quo…

R语言使用 multicore 包进行并行计算

R语言是单线程的,如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据,这样会获得运行速度倍数的提升.这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包:multicore. 我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理: 我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件,现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值(vcftools 可以很好的解决这个问题,但是假设我的vcf文件没有genotype, 或者我要实现一些个性化功能,那么可能要手动解决)…

R语言安装xlsx包，读入excel表格

开学的时候,男神给了数据(.xlsx格式)让用R语言分析分析,作为编程小白,读了一天都没读近R,更别提如何分析了. 现在小伙伴们都喜欢读txt 和csv格式的,好多xlsx的表格读不进R,将xlsx格式另存为csv格式就可以读进去啦.但偶尔会有格式不兼容的情况,会干掉有些数据,导致我们最后跑出的结果和男神给的案例结果不一样.其中一种解决方法是(我认为好用的): (1)安装xlsx包时会提醒需要rJava包,而rJava包需要配置电脑的环境变量,没有环境变量会导致包装不上,装不上! 首先电脑要安装…

R语言安装openxl包报错解决办法

在R语言中使用openxlsx包,会报错解决办法就是: 下载安装Set-Rtool,安装时注意勾选对话框然后在R中运行以下代码: Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "H:/Rtools/bin/zip.exe") #your Rtools path 具体情况看看你的R软件在哪个盘里面装着.…

R语言data.table包fread读取数据

R语言处理大规模数据速度不算快,通过安装其他包比如data.table可以提升读取处理速度. 案例,分别用read.csv和data.table包的fread函数读取一个1.67万行.230列的表格数据. # 用read.csv读取数据timestart<-Sys.time() data <- read.csv("XXXXs.csv",header = T,stringsAsFactors = F) timeend<-Sys.time() runningtime<…

windows下数据挖掘相关包numpy、pandas的安装

安装Anaconda的绕道这里介绍如何在windows下安装numpy/scipy/matplotlib/pandas/scikit_learn等数据分析相关包相关环境: win7 64位 python3.4 安装步骤: 1.pip install numpy-1.13.1+mkl-cp34-cp34m-win_amd64.whl2.pip install scipy-0.19.1-cp34-cp34m-win_amd64.whl3.pip install matplotlib-2.0.2-…

R语言安装程序包

自动安装(在线安装) 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl="http://www.your.url", dependencies = TRUE) # 安装 stepNorm 若要指定安装目录 `mydir`,则输入 install.packages("stepNorm", c…

R语言安装sqldb包报错解决办法

我使用Rtudio环境,安装sqldb几次出错.网上没有好的教程. 经过自己试验之后,这样处理.我写出来以后,供大家参考. > install.packages("sqldf") also installing the dependencies ‘BH’, ‘plogr’, ‘gsubfn’, ‘proto’, ‘RSQLite’, ‘DBI’, ‘chron’ trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.…

R语言爬虫 rvest包 html_text()-html_nodes() 原理说明

library(rvest) 例子网页:http://search.51job.com/jobsearch/search_result.php?fromJs=1&jobarea=010000%2C00&funtype=0000&industrytype=00&keyword=%E6%95%B0%E6%8D%AE&keywordtype=2&lang=c&stype=2&postchannel=0000&fromType=1&c…

大数据时代的精准数据挖掘——使用R语言

老师简介: Gino老师,即将步入不惑之年,早年获得名校数学与应用数学专业学士和统计学专业硕士,有海外学习和工作的经历,近二十年来一直进行着数据分析的理论和实践,数学.统计和计算机功底强悍. 曾在某一世界500强公司核心部门担任高级主管负责数据建模和分析工作,在实践中攻克统计建模和数据分析难题无数,数据处理与分析科学精准,在实际应用中取得良好的效果. Gino老师担任数据分析培训师多年,探索出一套以实例讲解带动统计原理理解和软件操作熟悉的方法,授课的学生能迅速理解统计原理并使用统计软件独立开展数…

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容 DT = data.table(x=rep(c("b&…

R语言之数据处理常用包

dplyr包是Hadley Wickham的新作,主要用于数据清洗和整理,该包专注dataframe数据格式,从而大幅提高了数据处理速度,并且提供了与其它数据库的接口:tidyr包的作者是Hadley Wickham, 该包用于“tidy”你的数据,这个包常跟dplyr结合使用. dplyr.tidyr包安装及载入 install.packages("dplyr") install.packages("tidyr") library(dplyr) library(t…

R语言数据分析利器data.table包—数据框结构处理精讲

R语言数据分析利器data.table包-数据框结构处理精讲 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快.包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度.因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率.这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理. 和data.frame的高度兼容…

R语言kohonen包主要函数介绍

最近准备写一篇关于自组织映射 (Self-organizing map)的文章.SOM的代码很多,研究了一圈之后目前使用最顺手的是R语言的kohonen包. 这个kohonen包功能很丰富,但是接口不是特别合理.R语言包大部分是统计学家写的,功能强大,数学上严谨,但是不怎么考虑代码的规范和简洁. kohonen最重要的四个函数: som xyf supersom somgrid 这个命名的随意性容易让程序员抓狂.简单说,som和xyf是supersom的封装版本,分别对应单层SOM和双层SOM,…

数据分析与R语言

数据结构创建向量和矩阵函数c(), length(), mode(), rbind(), cbind() 求平均值,和,连乘,最值,方差,标准差函数mean(), sum(), min(), max(), var(), sd(), prod() 帮助文档函数help() 生成向量 seq() 生成字母序列letters 新建向量 Which()函数,rev()函数,sort()函数生成矩阵函数matrix() 矩阵运算函数t(),矩阵加减矩阵运算矩阵相乘,函数diag() 矩阵…

碎片︱R语言与深度学习

笔者:受alphago影响,想看看深度学习,但是其在R语言中的应用包可谓少之又少,更多的是在matlab和python中或者是调用.整理一下目前我看到的R语言的材料: ------------------------------------------------------------ 近期,弗莱堡大学的Oksana Kutina 和 Stefan Feuerriegel发表了一篇名为<深入比较四个R中的深度学习包>的博文.其中,四个R包的综述如下: MXNet: MXNet深度学习库的R接…

手把手教你学习R语言

本文为带大家了解R语言以及分段式的步骤教程! 人们学习R语言时普遍存在缺乏系统学习方法的问题.学习者不知道从哪开始,如何进行,选择什么学习资源.虽然网络上有许多不错的免费学习资源,然而它们多过了头,反而会让人挑花了眼. 为了构建R语言学习方法,我们在Vidhya和DataCamp中选一组综合资源,帮您从头学习R语言.这套学习方法对于数据科学或R语言的初学者会很有用;如果读者是R语言的老用户,则会由本文了解这门语言的部分最新成果. R语言学习方法会帮助您快速.高效学习R语言. 前言在开始学习之前…

【转】R语言知识体系概览

摘要:R语言的知识体系并非语法这么简单,如果都不了R的全貌,何谈学好R语言呢.本文将展示介绍R语言的知识体系结构,并告诉读者如何才能高效地学习R语言. 最近遇到很多的程序员都想转行到数据分析,于是就开始学习R语言.总以为有了其他语言的编程背景,学习R语言就是一件很简单的事情,一味地追求速度,但不求甚解,有些同学说2周就能掌握R语言,但掌握的仅仅是R语言的语法,其实这只能算是入门. R语言的知识体系并非语法这么简单,如果都不了R的全貌,何谈学好R语言呢.本文将展示介绍R语言的知识体系结构,并告诉读…