一 建立索引 比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta 生成 hg19.fasta.amb.hg19.fasta.ann.hg19.fasta.bwt.hg19.fasta.pac.hg19.fasta.sa四个文件. 起可参数 -a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据,必须大于10MB,比如人的全基因组. is 默认的算法,速度较快,需要较大的内存,不能构建大于2GB的数据库 -P  str  输出数…

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fabwa index 指令更多的用法及 options,通过以下的…

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以…

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro…

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File bwa…

title: EditText 基本用法 tags: EditText,编辑框,输入框 --- EditText介绍: EditText 在开发中也是经常用到的控件,也是一个比较必要的组件,可以说它是用户跟Android应用进行数据传输的窗户,比如实现一个登陆界面,需要用户输入账号密码,然后我们获取用户输入的内容,提交给服务器进行判断. EditText 支持的 XML 属性及相关方法 XML 属性 相关方法 说明 android:text setText(CharSequence text)…

一．使用cookie 插件 插件官方网站下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ cookie 插件的用法比较简单,直接粘贴下面代码示例: //生成一个cookie: $.cookie('user', 'bnbbs'); //设置cookie 参数 $.cookie('user', 'bnbbs', { expires : 7, //过期时间,7 天后 path : '/', //设置路径,上一层 domain : 'www.ycku.com', //设置域名…

                               Java中的Socket的用法 Java中的Socket分为普通的Socket和NioSocket. 普通Socket的用法 Java中的网络通信时通过Socket实现的,Socket分为ServerSocket和Socket两大类,ServerSocket用于服务器端,可以通过accept方法监听请求,监听请求后返回Socket,Socket用于完成具体数据传输,客户端也可以使用Socket发起请求并传输数据.ServerSocke…

一.C#中MessageBox.Show用法 MessageBox.Show (String) 显示具有指定文本的消息框. 由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWin32Window, String) 在指定对象的前面显示具有指定文本的消息框. MessageBox.Show (String, String) 显示具有指定文本和标题的消息框.由 .NET Compact Framework 支持. MessageBox.Show (IWi…

A new built-in function, enumerate() , will make certain loops a bit clearer. enumerate(thing) , where thing is either an iterator or a sequence, returns a iterator that will return (0, thing [0]) , (1, thing [1]) , (2, thing [2]) , and so forth. A c…