CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |…

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb…

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)…

此部分是计算机视觉部分,主要侧重在底层特征提取,视频分析,跟踪,目标检测和识别方面等方面.对于自己不太熟悉的领域比如摄像机标定和立体视觉,仅仅列出上google上引用次数比较多的文献.有一些刚刚出版的文章,个人非常喜欢,也列出来了. 18. Image Stitching图像拼接,另一个相关的词是Panoramic.在Computer Vision: Algorithms and Applications一书中,有专门一章是讨论这个问题.这里的两面文章一篇是综述,一篇是这方面很经典的文章.[20…

前言 Hangfire是一个开源且商业免费使用的工具函数库.可以让你非常容易地在ASP.NET应用(也可以不在ASP.NET应用)中执行多种类型的后台任务,而无需自行定制开发和管理基于Windows Service后台任务执行器.且任务信息可以被持久保存.内置提供集成化的控制台. 原文 Hangfire目前资料不多,官方文档提供两个教程 Sending Mail in Background with ASP.NET MVC 和 Highlighter Tutorial,根据第二个教程山寨了一把,…

官方教程在这里 : Here 写在前面的废话:)) 以前学习新东西,第一想到的是找本入门教程,按照书上做一遍.现在看了各种网上的入门教程后,我觉得还是看官方Tutorial靠谱.书的弊端一说一大推 本文不是对Tutorial的翻译,只是写下一些想法: 我是为了开发自己的网站而学习的django的(www.liuruiqi.me),Digital Ocean默认使用postgresql数据库,所以首先安装: sudo apt-get install postgresql sudo apt-get…

关于Thrift文档化的确是做的不好.摸索了很久才终于把跨linux与windows跨C++与python语言的配置成功完成.以下是步骤: 1)                 Linux下环境配置 l  完成thrift所依赖的其他软件包的安装:Boost.libtool.libevent.bison.flex 解压boost_1_55_0,进入boost_1_55_0目录下 chmod 777 bootstrap.sh chmod 777 ./tools/build/v2/engine/bu…

用户指导 Hive 指导 Hive指导 概念 Hive是什么 Hive不是什么 获得和开始 数据单元 类型系统 内置操作符和方法 语言性能 用法和例子(在<下>里面) 概念 Hive是什么? Hive是一个以Apache Hadoop为基础的数据仓储基础设施.Hadoop为数据的存储和运行在商业机器上提供了可扩展和高容错的性能. Hive的设计目标是使得数据汇总更加简单和针对大容量数据的查询和分析.它提供SWL来使得用户可以更简单地查询.汇总和数据分析.同时,Hive的SQL为用户提供了多种地…

f you are not familiar with MySQL stored procedures or want to review it as a refresher, you can follow the MySQL stored procedures tutorial. We will create two stored procedures for the demonstration in this tutorial. The first stored procedure gets…