相信很多人都看到过上面这种方块图,有点像"华夫饼图"的升级版,也有点像"热图"的离散版.我在一些临床多组学的文章里面看到过好几次这种图,用它来展示病人的临床信息非常合适,我自己也用R包或者AI画过类似的图.今天给大家演示一下,如何用ggplot2里面的geom_tile函数画这种图. 先构造一个练习数据集,假设有15个病人,每个病人有年龄.性别.症状.是否有RNA-seq和WES测序等信息. library(ggplot2) library(tidyverse) l…

R绘图命令分为三种类型: 高级绘图命令在图形设备上产生一个新的图区,它可能包括坐标轴,标签,标题等等. 低级画图命令会在一个已经存在的图上加上更多的图形元素,例如额外的点,线和标签. 交互式图形命令允许你交互式的用定点设备(如鼠标)在一个已经存在的图上添加图形信息或者提取图形信息. 基本图库graphics包: 高级绘图函数: plot函数: 这个函数主要用来画散点图. 因为plot() 函数默认启动一个新的页面,所以你需要禁止该操作,因此设定选项newpage = FALSE. plot(x,…

版权声明:本文为博主原创文章,博客地址:,欢迎大家相互转载交流. 使用R语言做逻辑回归的时候,当自变量中有分类变量(大于两个)的时候,对于回归模型的结果有一点困惑,搜索相关知识发现不少人也有相同的疑问,通过查阅资料这里给出自己的理解. 首先看一个实例(数据下载自:http://freakonometrics.free.fr/db.txt) > db <- read.table("db.txt",header=TRUE,sep=";")> head(…

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data…

持续更新~ 散点图 条形图 文氏图 饼图 盒型图 频率直方图 热图 PCA图 3D图 火山图 分面图 分面制作小多组图 地图 练习数据: year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1.648075 5.429438 2.701108 '15 4.011208 1.533966 5.419301 2.660…

二.分类图 1. 分类散点图 (1)散点图striplot(kind='strip') 方法1: seaborn.stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None, jitter=True, dodge=False, orient=None, color=None, palette=None, size=5, edgecolor='gray', linewidth=0, ax=None, **kwa…

今天给大家写广义混合效应模型Generalised Linear Random Intercept Model的第一部分 ,混合效应logistics回归模型,这个和线性混合效应模型一样也有好几个叫法: Mixed Effects Logistic Regression is sometimes also called Repeated Measures Logistic Regression, Multilevel Logistic Regression and Multilevel Bina…

今天要给大家分享的统计方法是马尔可夫多态模型,思路来源是下面这篇文章: Ward DD, Wallace LMK, Rockwood K Cumulative health deficits, APOE genotype, and risk for later-life mild cognitive impairment and dementia Journal of Neurology, Neurosurgery & Psychiatry 2021;92:136-142. 我们知道轻度认知损害…

前言: 在前面介绍了R的基础入门语法之后,现也将最近整理好的一些R的基础绘图实例提供给需要的朋友参考.(温馨提示:代码慎用!按照本博文实例进行练习的话最好能做到举一反三.代码多敲方为上策,切不可隔岸观火!) #基础R绘图 x <- : y <- + x* windows(,);plot(y) #默认情况绘制散点图type="p" windows(,);plot(y,type="l") #"l"即 line首字母 #正态分布随机数图 x…

目的: 通过探索文件pseudo_facebook.tsv数据来学会多个变量的分析流程 通过探索diamonds数据集来探索多个变量 通过酸奶数据集探索多变量数据 知识点: 散点图 dplyr汇总数据 比例图 第三个变量加入到图形中 简介: 如果在探索多变量的时候,我们通常会把额外的变量用多维的图形来进行展示,例如性别,年份等 案例分析: 一:facebook数据集分析 思路:根据性别进行划分数据集,x轴为年龄,y轴为好友数,然后根据中位数进行绘制 或根据数据进行划分来进行绘制 1.分析男性,女…