NCBI通过氨基酸位置查看相邻SNP

进入NCBI网站在SNP的搜索框中输入SNP位点,比如“rs52811957” 在弹出的对话框中选择“Gene View” 进入以后会显示该变异相邻SNP.原始氨基酸.变异后的氨基酸.position等…

我们做完GWAS的关联分析后需要查看显著性SNP在我们数据中的频率分布情况.这时候我们需要用到plink和我们做关系分析所用的二进制文件datas. 第一步,我们用R语言读取分析结果,即*.assoc文件,按P值倒序排列,即出现上图的结果. 第二步,查看单个SNP位点(即上述结果中的kgp4382537)在数据中的频率.打开Plink,使用指令: "plink --bfile datas --snp kgp4382537 --freq --out kgp4382537_freq". 随…

关于 Eclipse中的Web项目部署的文件位置查看jsp源码的部署位置

使用 eclipse 开发web项目会默认部署在工作目录下: .metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps 在这里我的工作目录是 F:\work 所以 web的项目部署的位置应该是: F:\work\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps…

【Eclipse】Eclipse中tomcat的Server配置(解决修改代码不断的重启服务器)以及设置tomcat文件发布位置与JSP编译位置查看

Eclipse有时候修改一点JS或者JSP都会自动重启,有时候修改完JS或者JSP之后必须重启服务器才生效,下面研究了server的一些选项之后彻底解决了这些问题,下面做记录: 我的 Eclipse的配置: 解释 1.Never publish automatically是重来不自动部署,主要是为了防止每次修改JS或者JSP或者JAVA代码自动重启服务器. 2.Server Locations勾选中间的; 是将项目发布到tomcat安装目录,便于查找东西 3.Server options 勾…

NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上（locus）

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21…

Ubuntu下查看软件版本及安装位置【转】

Ubuntu下查看软件版本及安装位置查看软件版本: aptitude show xxx 也可用apt-show-versions (要先安装sudo apt-get install apt-show-versions) 查看软件安装位置:dpkg -L xxxx 查看软件是否安装:dpkg -l | grep filename…

SNP命名

SNP命名 [2016-11-24] 奶茶妹妹是谁,京东老板娘,咦?章泽天!没错! 国民老公是谁?万达少东家,王健林儿子,王思聪!恭喜你又答对了! 函数是谁?这不是数学上的名词吗?不对,是杨幂…… 人类这是有多么爱给人取外号,就连SNP的命名,也是各种各样,奇怪到令人发指(⊙o⊙) 关于SNP位点的命名其实是很乱的,不同的组织机构命名不统一,大家在文献中也是根据自己的习惯命名.具体表现有以下几种形式: 1. RS命名 RS 命名是目前最常用的SNP 命名法,NCBI 会对作者提交的S…

SNP芯片的原理

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起…

Redis Geo: Redis新增位置查询功能

转载于:http://www.itxuexiwang.com/a/shujukujishu/redis/2016/0216/144.html 移动互联网增进了人与人之间的联系,其中基于位置信息的服务(Location Based Service,LBS)起到很重要的促进作用.在移动互联网的大环境下,每个手机都变成了一个位置追踪设备,为人们提供了非常丰富的位置服务.无论是附近的人,还是摇一摇等耳熟能详的应用都需要LBS在后台的支撑.但是,目前位置信息的使用过程中存在诸多挑战如相邻计算不准确等.由于…

转:Redis Geo: Redis新增位置查询功能

原文来自于:http://www.infoq.com/cn/news/2015/07/redis-geo 移动互联网增进了人与人之间的联系,其中基于位置信息的服务(Location Based Service,LBS)起到很重要的促进作用.在移动互联网的大环境下,每个手机都变成了一个位置追踪设备,为人们提供了非常丰富的位置服务.无论是附近的人,还是摇一摇等耳熟能详的应用都需要LBS在后台的支撑.但是,目前位置信息的使用过程中存在诸多挑战如相邻计算不准确等.由于经常面对海量数据请求,通常位置服务的…