解析Illumina+PacBio组装策略 (2016-12-08 13:21:58) 转载▼     基于Illumina和PacBio平台的“二加三”组装策略,巧妙的融合了PacBio平台超长读长.无PCR扩增和Illumina平台成本低等优势,成为目前基因组研究最经济有效的方式.那么问题来了,这个“二加三”策略究竟是如何利用两种平台测序数据的?是以二代数据为主还是以三代数据为主?今天,小编将为您揭晓答案. 方案一:以三代数据为主,通过三代数据进行组装,使用二代数据对三代数据进行纠错. 这是…

缘起: 在组装echart页面的时候,遇到这样一个问题,它是一个需要在循环内层的时候,同时循环外层,在内层循环中就要将外层获取的值存入,导致了一种纠缠状态,费了老劲儿,终于得到如下解决.记录之,绿色为语句功能注释. /** * @desc 获取用户使用网络数据 * @param index_type * @param chatId */ function getNetWorkData(index_type,chatId,start,end) { // 传递三个参数,index_type为数据类型…

循环依赖 所谓循环依赖就是多个Bean之间依赖关系形成一个闭环,例如A->B->C->...->A 这种情况,当然,最简单的循环依赖就是2个Bean之间互相依赖:A->B(A依赖B), B->A(B依赖A) .在Spring中,如果A->B,那么在创建A的过程中会去创建B,在创建B(或B的依赖)的过程中又发现B->A,这个时候就出现了循环依赖的现象. 循环依赖的解决 spring中的循环依赖只有当 Bean是单例, 通过属性注入的情况 这两个条件满足的情况下…

一.时间限制策略相关接口和类 什么是时间限制策略呢?是指在一个时间限制内,包装任何一种重试(尝试)规则,如果超过该限制,那么这个尝试规则可能会被中断,并抛出UncheckedTimeoutException异常. 重试策略接口 AttemptTimeLimiter<V> ,它只有一个方法: /** * callable 受时间限制 */ V call(Callable<V> callable) throws Exception; 重试策略工厂类:AttemptTimeLimiter…

转载:https://www.cnblogs.com/wpjamer/articles/6443332.html 1 前言 随着网站负载的不断增加,负载均衡(load balance)已不是陌生话题.负载均衡是将流量负载分摊到不同的服务单元,保证服务器的高可用,保证响应足够快,给用户良好的体验. nginx第一个公开版发布于2004年.2011年发布了1.0版.它的特点是稳定性高.功能强大.资源消耗低.从服务器市场占有率来看,nginx已有与Apache分庭抗礼势头.其中,不得不提到的特性就是其…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以…

XWAF推出了自己的组合式XML文档解析器,英文名叫:“CXDP”,是“Combined XML Document Parser”的缩写.核心代码属XWAF原创,注释.日志和帮助文档采用全中文描述,特别适合于中文背景的初级程序员学习和使用. CXDP解析器融合了DOM解析和DSE解析两种XML解析技术. DOM解析就是基于文档对象树的解析技术,编码简单,功能强大,且能对XML原文进行“增.删.改.查”操作,是行业内最早推出的XML解析方案,应用广泛,但是对用户计算机的性能和内存要求较高,解析速度…

导读:Spring可以说是Java企业开发里最重要的技术.而Spring两大核心IOC(Inversion of Control控制反转)和AOP(Aspect Oriented Programming面向切面编程)其中又以IOC最为核心.IOC容器是Spring的核心模块,Spring提供了两种类型的容器,一个是BeanFactory,一个是ApplicationContext,而ApplicationContext是BeanFactory扩展来的. 本文就Spring框架的beans源码进行…

转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序,并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序,为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源,从而利于生态环境的持续优化. PacBio数据的加入,有效地对基因组初装版本进行了补洞,并在进一步Scaffolding提供高连续性序列,基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/…