解读sam格式文件

【解读sam格式文件】的更多相关文章

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

[怪毛匠子整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670…

SAM格式及比对工具之 samtools 使用方法

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题非常多序列(read),…

sam格式详细说明

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

BAM/SAM格式

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam…

文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似…