comvert hmp to ped1, ped2, map fileSB1.ped, SB2.ped, SB.map 1, choose 20 markers for 30 times(WD: /share/bioinfo/miaochenyong/GWAS/SB/20Markers-1To5Effect)python ../choose_multi-markers.py SB.imputed.916.filtered.hmp 20 30 marker pheno 2, combine phe…

先读几篇文章: Interpretation of Association Signals and Identification of Causal Variants from Genome-wide Association Studies GWAS have been successful in identifying disease susceptibility loci, but it remains a challenge to pinpoint the causal variants…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense…

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

1 什么是后仿真? 后仿真也成为时序仿真,门级仿真,在芯片布局布线后将时序文件SDF反标到网标文件上,针对带有时序信息的网标仿真称为后仿真. 2 后仿真是用来干嘛的? 检查电路中的timing violation和 test fail,一般都是已知的问题.一般后仿真花销2周左右的时间. 网标仿真的目的是检查RTL仿真和综合后的一致性(logic Equivalence check),由于网标仿真非常慢,所以网标仿真不充分,有的公司没有网标仿真,即使有后仿真,后仿真一般是时间非常少,因为后仿真时间…

# 9月13日 于成都黄龙溪 1 #!/usr/bin/perl # Author : Leon Email: yangli0534@gmail.com # fdtd simulation , plotting with gnuplot, writting in perl # perl and gnuplot software packages should be installed before running this program #use Time::HiRes qw(sleep);…

原文链接 PMC/PEC Boundary Conditions and Plane Wave Simulation (FDTD) OptiFDTD now has options to use Perfect Electrical Conductor (PEC) and Perfect Magnetic Conductor (PMC) boundary conditions. You can choose which boundaries use the new conditions, and…

CST偶极子天线仿真,半波振子天线 一.本文使用CST仿真频率为1GHz的偶极子天线,使用2013版本.仿真的步骤为 1.选择一个CST的天线工程模板 2.设置好默认的单位 3.设置背景的材料(空气腔等) 4.建模,画出天线的结构 5.设置频率 6.设置边界条件 7.定义激励 8.远场设置 9.设置远场结果分析的模板 10.选择合适的求解器 11.分析结果 二.具体实现. 1.新建工程,依次选择Microwave&RF->Antennas--->wire--->Integral…

fault simulation是指对fault circuit的simulation,来locate manufacturing defects并且进行fault diagnosis. logic simulation针对logic circuit model的simulation,主要有compiled-code和event-driven两种techniques. Logic simulation针对design verification的: 一般design verificaiton起始于…