双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因,如下图第七个位点所示,有G/-两种形式: 多等位基因(multiallelic sites):表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因,如下图第七个位点所示,在不同的样本中,有G.C.T.-几种形式:…

https://zh.wikipedia.org/zh-cn/网段 在以太网环境中,一个网段其实也就是一个冲突域(碰撞域).同一网段中的设备共享(包括通过集线器等设备中转连接)同一物理总线,在这一总线上执行CSMA/CD(载波监听多路访问/冲突检测)机制.不同网段间不共享同一物理层,因此不会跨网段发生冲突(碰撞). 现代高速以太网通常使用交换机代替集线器,交换机是工作在数据链路层的设备,由它转接的两组设备不在同一网段中.事实上,交换机为连在其上的每一个独立设备各自划分出一个独立的网段,每个网段只…

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single…

SNPs,全称是single nucleotide polymorphisms,SNPs等位基因频率的容易估计.采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略.该策略的原理是:首先选择参考样本制作标准曲线,然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较,根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率. SNPs概念 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象. 只涉及到单个核苷酸碱基…

20170222 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选. ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异.主要包含三种不同的注释方法,Gene-based Annotation(基于基因的注释).Region-based Annotation(基于区域的注释).Filter-based Annotation(基于筛选的注释). ANNOVAR由Perl编写. 优点:提供多个数据可直接下载.支持多种格…

The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be found on the manual page. Running the program Getting basic file statistics Applying a filter Writing…

Drush(Drush = Drupal + Shell)就是使用命令行命令来操作Drupal站点,它的命令格式与git类似,都是双字命令(drush + 实际的命令).既然是命令行命令,也就可以使用其他脚本来实现相同的功能,比如编写shell脚本来实现相同的功能,也的确有不少人这样做过.但是,使用Drush要远优于编写自己的脚本,好处在于,一是可以利用Drush开发社区的力量,二是Drush的命令更加可靠,适用于更多变的环境. 从安全性考虑,Drush应当安装站点之外的目录下.官方站点上介绍,…

基础篇了解大部分数组处理函数 array_chunk — 将一个数组分割成多个    array_column — 返回数组中指定的一列    array_combine — 创建一个数组,用一个数组的值作为其键名,另一个数组的值作为其值(另一种意义的合并数组) array_flip — 交换数组中的键和值 array_key_exists — 检查数组里是否有指定的键名或索引 array_key_first — Gets the first key of an array    array_k…

摘 要: 多位点序列分型(MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段,测定其序列,分析菌株的变异,从而进行分型.MLST被广泛应用于病原菌.环境菌和真核生物中.与传统分子生物学分型方法相比,MLST操作简单,具有更高的分辨力,能将同种细菌分为更多的亚型,并确定不同ST型之间的系统发育关系以及与疾病的联系. 关键词: 多位点序列分型   多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,通过…

摘要:Wright’s F‑statistics, and especially FST, provide important insights into the evolutionary processes that influence the structure of genetic variation within and among populations, and they are among the most widely used descriptive statistics in…