文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole…

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN…

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

作者信息 作者名称:金云龙 个人网站:http://www.longestory.com 个人公众帐号:搜索"longestory"或"龙哥有话说" 须要注意的是,假设使用Servlet 3.0版本号的话:首先Tomcatserver必须使用7.0版本号以上的(老版本号不提供3.0版本号).其次Eclipse创建Webproject时选择3.0版本号. Servlet 3.0版本号同意使用注解方式来替代web.xml文件里配置Servlet.Filter和Liste…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可…

继上一篇文章介绍了Jayrock组件开发接口的具体步骤和优缺点之后,今天给大家带来的就是,如何修复这些缺点. 首先来回顾一下修复的缺点有哪些: 1.每个接口的只能写大概的注释,不能分开来写,如接口的主要功能,输入的参数是什么意思,输出的字段是什么意思. 2.测试页面中,针对每个接口的功能注释是没有的,这样非常不方便,因为接口一多,开发人员很难快速的定位要使用的接口. 3.测试页面中,选择的下拉框不能输入搜索,只能一个个选择,接口一多,绝对是个悲剧的活. 那么下面就展示我是如何修复这些缺点的: 1…

一.WebService中常用的属性(Attributes)1. Web Service(Web服务)提供以下三个属性.    Namespace:此属性的值包含 XML Web Service的默认命名空间.XML命名空间提供了一种在XML文档中创建名称的方法,该名称可由统一资源标识符(URI)标识.如果不指定命名空间,则使用默认命名空间 http://tempuri.org/.     Name:此属性的值包含XML Web Service的名称.在默认情况下,该值是实现XML Web Se…

代码整洁,规范,可读,注释是关键之一. 1.整个类文件注释 注释结构:/* * @(#){类名称}.java       {创建时间} * * {某人或某公司具有完全的版权} * {使用者必须经过许可} */ 2. 具体类功能注释 注释结构: /** * 类 <code>{类名称}</code>{此类功能描述} * * @author {作者} * @version {版本,常用时间代替} * @see     java.lang.Class * @since   JDK{jdk版…

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons…