options(stringsAsFactors = F ) rm(list = ls()) library(Seurat) library(dplyr) library(ggplot2) library(Hmisc) library(pheatmap) #读入数据 #合并gene去batch expr_1 <- readRDS("C:/Gu_lab/PA/result/pipline_results/P1_normal/expr.RDS") expr_1 <- Renam…

Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了(satija的力作),我之前测试过,但是没怎么用. 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 主要目的:identifying subpopulations of cells that are present across m…

1.如果是第一次新建markdown文件,需要在有网的条件下,因为要下载一个包才能用markdown 2.为什么使用rmarkdown 使用markdown不仅可以边调试边运行,还可以一次性将所调试好的代码一同输出,然后将这个结果存为pdf,html,word格式用以保存. 3.如果你的代码中有中文,导出pdf文件的话需要进行一些设置(自行百度):html.work格式可以顺利输出.如果需要pdf文件的话,建议生成word后另存为pdf文件 4.导出文件的目录必须是R默认目录 5.文件名不能带点…

分布图 hist(MetaData$genes, breaks = 100, main = "Gene number distribution", xlab = "Gene number", ylab = "Cell count") abline(v=3000,col = "blue") abline(v=9000,col = "red") PCA图 画PCA,还是推荐scater,速度很快,一般的R包真是…

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需…

转自http://blog.csdn.net/han_xiaoyang/article/details/51191386 – 谷歌的无人车和机器人得到了很多关注,但我们真正的未来却在于能够使电脑变得更聪明,更人性化的技术,机器学习. – 埃里克 施密特(谷歌首席执行官) 当计算从大型计算机转移至个人电脑再转移到云的今天,我们可能正处于人类历史上最关键的时期.之所以关键,并不是因为已经取得的成就,而是未来几年里我们即将要获得的进步和成就. 对我来说,如今最令我激动的就是计算技术和工具的普及,从而带…

当前,机器学习和数据科学都是很重要和热门的相关学科,需要深入地研究学习才能精通. <机器学习与数据科学基于R的统计学习方法>试图指导读者掌握如何完成涉及机器学习的数据科学项目.为数据科学家提供一些在统计学习领域会用到的工具和技巧,涉及数据连接.数据处理.探索性数据分析.监督机器学习.非监督机器学习和模 型评估.选用的是R统计环境,所有代码示例都是用R语言编写的,涉及众多流行的R包和数据集. 适合数据科学家.数据分析师.软件开发者以及需要了解数据科学和机器学习方法的科研人员阅读参考. 学习参考:…

本篇文章是原文的译文,然后自己对其中做了一些修改和添加内容(随机森林和降维算法).文章简洁地介绍了机器学习的主要算法和一些伪代码,对于初学者有很大帮助,是一篇不错的总结文章,后期可以通过文中提到的算法展开去做一些实际问题. Google的自驾车和机器人得到了很多新闻,但公司的真正未来是机器学习,这种技术使计算机变得更智能,更个性化.-Eric Schmidt (Google Chairman) 我们可能生活在人类历史上最具影响力的时期--计算从大型主机到PC移动到云计算的时期. 但是使这段时期有…

本文来自于腾讯bugly开发者社区,非经作者同意,请勿转载,原文地址:http://dev.qq.com/topic/578753c0c9da73584b025875 0.引子 话说我们做程序员的,都应该多少是个懒人,我们总是想办法驱使我们的电脑帮我们干活,所以我们学会了各式各样的语言来告诉电脑该做什么——尽管,他们有时候也会误会我们的意思. 突然有一天,我觉得有些代码其实,可以按照某种规则生成,但你又不能不写——不是所有的重复代码都可以通过重构并采用高端技术比如泛型来消除的——比如我最痛恨的代…

Python实现各种排序算法的代码示例总结 作者:Donald Knuth 字体:[增加 减小] 类型:转载 时间:2015-12-11我要评论 这篇文章主要介绍了Python实现各种排序算法的代码示例总结,其实Python是非常好的算法入门学习时的配套高级语言,需要的朋友可以参考下 在Python实践中,我们往往遇到排序问题,比如在对搜索结果打分的排序(没有排序就没有Google等搜索引擎的存在),当然,这样的例子数不胜数.<数据结构>也会花大量篇幅讲解排序.之前一段时间,由于需要,我复习了…