已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i…

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

利用Microsoft Sql Server Management studio 创建数据库的示例方法如下:   一.打开安装好的Microsoft Sql Server Management studio -在对象资源管理器里找到[数据库]--右键[新建数据库]到下图界面. 1.在数据库名称处输入要创建数据库的名称. 2.表格中的两个路径分别为:    2.1.上为数据库存放物理地址.    2.2.下为数据库日志存放物理地址. 3.初始大小图片中显示的为默认的值,可以根据自已的需求进行修改大…

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl…

Oracle 数据库整理表碎片 转载:http://kyle.xlau.org/posts/table-fragmentation.html 表碎片的来源 当针对一个表的删除操作很多时,表会产生大量碎片.删除操作释放的空间不会被插入操作立即重用,甚至永远也不会被重用. 怎样确定是否有表碎片 -- 收集表统计信息 SQL> exec dbms_stats.gather_table_stats(ownname=>'SCHEMA_NAME',tabname=> 'TABLE_NAME'); -…

最基本的Oracle数据库连接代码(只针对Oracle11g): 1.右键项目->构建路径->配置构建路径,选择第三项“库”,然后点击“添加外部Jar”,选择“D:\Oracle\app\oracle\product\11.2.0\server \jdbc\lib\ojdbc6_g.jar”(注:D:\Oracle为数据库的安装路径). 2.以下代码为非常标准的Oracle数据库连接代码示例: /** * 一个非常标准的连接Oracle数据库的示例代码 */ public void testO…

最基本的Oracle数据库连接代码(只针对Oracle11g): 1.右键项目->构建路径 ->配置构建路径,选择第三项“库”,然后点击“添加外部Jar”,选择 “D:\Oracle\app\oracle\product\11.2.0\server \jdbc\lib\ojdbc6_g.jar”(注:D:\Oracle为数据库的安装路径). 2.以下代码为非常标准的Oracle数据库连接代码示例: /** * 一个非常标准的连接Oracle数据库的示例代码 */public void test…

一.About Mysql 1.Mysql 优点 体积小.速度快.开放源码.免费 一般中小型网站的开发都选择 MySQL ,最流行的关系型数据库 LAMP / LNMP Linux作为操作系统 Apache或Nginx作为 Web 服务器 MySQL作为数据库 PHP作为服务器端脚本 都是免费或开放源码软件,不用花一分钱就可以建立起一个稳定.免费的网站系统 2.登陆MySQL 登陆:mysql –h 主机名 -u 用户名 –p 注销:quit; 修改密码:mysqladmin –uroot –p…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并…