fasta格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式.在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释. 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用">"作为起始),用于序列标记.从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号(参见下表).通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母…

Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信…

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟…

一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA GCATCTGCGAGCCGCCTGTTGATTGCATCCGCCGGGGACGCAACAAGGCAAG…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

一.生成dex文件 我们可以通过java文件来生成一个简单的dex文件 编译过程: 首先编写java代码如下: (1) 编译成 java class 文件 执行命令 : javac Hello.java 编译完成后 ,目录下生成 Hello.class 文件 (2) 编译成 dex 文件 dx --dex --output=Hello.dex Hello.class 编译正常会生成 Hello.dex 文件 00 34指明jdk版本,这个原因是jdk版本过高了,我们得使用1.6版本的JDK来进行…

需求:在mediaprovider数据库中加入.mov后缀格式的视频文件 能够使用工具MediaInfo_GUI_0.7.67_Windows.3243836749.exe 查看mov文件编码格式类型,能够到http://download.csdn.net/detail/deng0zhaotai/8767089下载. 概要 完整名称 : D:\好歌曲学员合.mov 文件格式 : MPEG-4 格式简单介绍 : QuickTime 编码设置ID : qt 文件大小 : 83.8 MiB 长度 :…

1. VI编辑器中转换 在VI中使用命令 set ff?(fileformat)可以查看文件的格式,使用set ff=dos(unix)可以设置文件的格式 2.使用sed处理(来至http://www.cnblogs.com/yangyh/archive/2011/08/12/linux.html) Sed命令笔记 Tag:linux sed 正则 替换 DOS/Windows和Linux/Unix的文件换行回车格式不同,基于 DOS/Windows 的文本文件在每一行末尾有一个 CR(回车)和…

一.dex文件的生成 我们可以通过java文件来生成一个简单的dex文件 编译过程: 首先编写java代码如下: (1) 编译成 java class 文件 执行命令 : javac Hello.java 编译完成后 ,目录下生成 Hello.class 文件 (2) 编译成 dex 文件 dx --dex --output=Hello.dex Hello.class 编译正常会生成 Hello.dex 文件 00 34指明jdk版本,这个原因是jdk版本过高了,我们得使用1.6版本的JDK来进…