annovar 注释除人类以外的SNP

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annovar 注释除人类以外的SNP

1. 准备文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt (软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/) gtfToGenePred.dms -genePredExt ref.gtf SP_refGene.txt &…

Detailed Information for Outputted Files from Somatic Mutation Annotators（annovar 注释文件条目详细解释）

CONTENTS *_annoTable.txt (ANNOVAR) *_annoTable.txt (SnpEff) *_genelist.txt (ANNOVAR & SnpEff) dbNSFP Information We provide here detailed Description about the files outputted from the somatic mutation annotators via ANNOVAR and SnpEff. *_annoTable.t…

【annotation】非人类物种基因组注释（MSU为例）

基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov…

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…

【software】变异注释工具：annovar

annovar提供三种注释方式一,基于基因的注释给定变异,看变异是否影响编码蛋白的改变支持基因定义系统:RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView genes, or many other gene definition systems. 二.基于区域的注释看变异是否在基因组的特定区域三.基于过滤的注释看变异是否在特定数据库中,如dbSNP annotate_variation.pl 主程序 tabl…

annovar积累

20170222 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选. ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异.主要包含三种不同的注释方法,Gene-based Annotation(基于基因的注释).Region-based Annotation(基于区域的注释).Filter-based Annotation(基于筛选的注释). ANNOVAR由Perl编写. 优点:提供多个数据可直接下载.支持多种格…