Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富.资源最广的蛋白质数据库. UniprotKB由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的.手工注释的.非冗余的数据集,这些数据都是由质量保证的. UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果,需要我们手工注释.     当我们搜索蛋白质时,就会如下显示多个蛋白质的信息:   Entry:是Uniprot给每个蛋白质赋予的独一无二的ID Entry name:是蛋白ID的简…

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne…

Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库: 其中swiss-prot 是手工核对过的 ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据库,也是最常用的数据库: 该数据库收录了不同物种的蛋白信息,以人类为例, 数据库中可以看到如下的信息: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&fil=organism%3A%22Homo+sapiens+%28Human%29+%5B9606%5D%2…

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 数据库的主页为 http://www.genenames.org/ 对于每个human的基因来说,在HGNC数据库中会有一个数字标识的唯一ID, 也会有一个唯一的symbol, HCNC数据库提供了免费下载的功能: 下载对应的链接,命令为 lftp…

Uniprot,全名Universal Protein,其整合了Swissprot.TrEMBL和PRI-PSD三大数据库,是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序列,因此蛋白组学的结果常以uniprot ID作为识别ID,而且Uniprot数据库还与其他公共库进行了关联,丰富了蛋白相关的信息 这里主要是对Uniprot的API进行一个小结.之前略微了解过KEGG的API,能非常方便的通过URL以及编程命令轻松访问KEGG数据库…

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述…

psp 项目 内容 开始时间 结束时间 被打断 净时间 12月2日 写博客 对各小组评价 11:20 12:05 0 45 写博客 final评价1 23:40 23:57 0 17 12月5日 看论文 数据集搜索+特征提取 9:00 10:00 0 60 12月6日 数据库 UNIProt数据库下载数据 8:50 11:30 0 180 讨论班 组内讨论 13:30 15:50 0 140 算法学习 PSIblast学习 16:00 20:50 90 200 12月7日 写代码 蛋白质序列+位…

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque…

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…