使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R…

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

GEO  Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.GPL GEO Series Study  GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能会涉及不同平台. GEO DataSet  GDS号(GDSxxx)对应的是一个同一平台的数据集,这些包括包括从微整列和高通量序列技术生成的数据. GEO Sample …

排序合并连接(sort merge join)的原理 排序合并连接(sort merge join)的原理     排序合并连接(sort merge join)       访问次数:两张表都只会访问0次或1次.     驱动表是否有顺序:无.     是否要排序:是.     应用场景:当结果集已经排过序.   排序合并连接原理:如果A表的数据为(2,1,4,5,2),B表的数据为(2,2,1,3,1) ,首先将A表和B表全扫描后排序,如下:                 A    B  …

18:01 2015/11/18git两种合并方法 比较merge和rebase其实很简单,就是合并后每个commit提交的id记录的顺序而已注意:重要的是如果公司用了grrit,grrit不允许用merge,所以好像都是用rebase却别讲解,比如:在服务器上的develop分支有多人在开发,你们同时clone或pull下来最新代码,但是开发进度不一样,你在开发一个任务的时候其他人提交了编号为1,2的commit和push,你现在开发完了也要提交,你的提交编号是3,4(注意:编号不代表顺序现实…

pandas对象中的数据可以通过一些内置的方法进行合并:pandas.merge,pandas.concat,实例方法join,combine_first,它们的使用对象和效果都是不同的,下面进行区分和比较. 数据的合并可以在列方向和行方向上进行,即下图所示的两种方式: pandas.merge和实例方法join实现的是图2列之间的连接,以DataFrame数据结构为例讲解,DataFrame1和DataFrame2必须要在至少一列上内容有重叠,index也好,columns也好,只要是有内容重…

合并数据集 pandas.merge 可根据一个或多个键将不同DataFrame中的行连接起来. pandas.concat 可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起. combine_first merge 默认情况下,merge做的是'inner'连接;结果中的键是交集 和数据库中的left.right以及outer连接这些外连全部是形成笛卡尔积 merge合并的数据如果是多对多,则是笛卡尔积的形式合并 import pandas as pd import numpy as np df1 = pd…