R语言基础绘图系统 基础图形--直方图.金字塔图 3.直方图 参数设置及比较. op <- par(mfrow=c(2,3)) data <- rnorm(100,10,5) hist(data,col = 'light green') #默认分组 hist(data,col = 'sky blue',breaks = 15) #分成15组 hist(data,col = 'orange',breaks = seq(-5,25,1)) #自定义组距 hist(data,col = 'pink'…

R语言基础绘图系统 基础图形--饼图.克利夫兰点图.条件图 6.饼图 pie(rep(1,26),col=rainbow(26), labels = LETTERS[1:26], #标签 radius = 1) #半径 library(RColorBrewer) pie.myData <- c(5.8,27,0.2,21.1,12.8,33.1) diseasetypes <- c('上感','中风','外伤','昏厥','食物中毒','其他') names(pie.myData) <-…

R语言基础绘图系统 基础图形--条形图.误差图 3.条形图 barplot接收的数据是矩阵而非数据框. data <- sample(c(50:80),5) barplot(data,col=heat.colors(5)) my_matrix <- matrix(data=sample(10:40,9), nrow = 3, dimnames = list(c('A',"B",'C'), paste('dose',1:3))) barplot(t(my_matrix), b…

1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR…

ggplot2绘图系统--几何对象之线图 曲线:点连线.路径曲线.时间序列曲线.模型拟合曲线...... 直线:水平直线.垂直直线.斜线. 1.曲线 对象及其参数. #路径图 geom_path(mapping = , data = , stat = 'identity', position = 'identity', lineend = 'butt', #线段两端样式,round/square linejoin = 'round', #线段交叉样式,mitre/bevel linemitre…

ggplot2绘图系统--扩展包ggrepel.ggsci.gganimate.ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载,有些需借助devtools包从Github下载. 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签,相比geom_text和geom_label函数,能将重叠的标签分开,并添加指示短横线. library(ggrepel) ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point(color='red')+ geom_text_repel(aes(la…

ggplot2绘图系统--几何对象之条图(包括误差条图) 1.条图 格式: geom_bar(mapping = , data = , stat = 'count', #统计变换默认计数 position = 'stack', #默认堆栈 width = , #条形宽度 binwidth = , na.rm = FALSE, show.legend = , inherit.aes = TRUE) positon: dodge并排 fill堆叠填充标准化为1 stack堆栈 identity不做调…

ggplot2绘图系统--几何对象汇总 前面介绍了常见的几种基本的几何对象,并且介绍了scale.stat等其他要素.后续将介绍position.themes.coord和faceting等函数. 这里对ggplot2几何对象进行汇总. abline/area/bar/bin2d/boxplot/contour/crossbar/density/density2d/dotplot/errorbar/errorbarh/freqpoly/hex/histogram/hline/vline/jitt…

ggplot2绘图系统--统计变换函数 在几何对象中以参数stat形式出现. 不同的几何对象对应不同的统计变换函数. 以直方图为例,几何对象geom_histogram(..., stat='bin')与stat_bin(.., stat='bar')的作用是一样的. 一般而言,我们不需要对数据进行额外的统计变换,使用默认的就好.但特殊情况时需要用到,如对数据进行log转换. 绘制QQ图 df <- data.frame(y=rt(200,df=5)) #随机生成t分布 ggplot(df,ae…

ggplot2绘图系统--几何对象之散点图 以geom开头的函数超过30个.几何对象和标度函数scale密不可分.只有在aes中传入某个变量,scale才能发挥作用. 所谓标度scale,就是图形遥控器,用于控制元素属性.相对于color/shape等参数而言,可以进行更多.更精确的设置. 颜色标度设置 颜色梯度(gradient)标度(scale)函数. #双色梯度函数 scale_color_gradient(...,high='#56B1F7',low='#132B43',...) sca…