Rare-Variant Association Analysis: Study Designs and Statistical Tests 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation 测序技术在人种迁徙上的应用 An Aboriginal Australian Genome Reveals Separate Human Dispersals into AsiaAncient genomes document mu…

1基本概念 购物篮事务(market basket transaction),如下表,表中每一行对应一个事务,包含唯一标识TID,和购买的商品集合.本文介绍一种成为关联分析(association analysis)的方法,这种方法,可以从下表可以提取出,{尿布}->牛奶. 两个关键问题:1大型数据计算量很大.2发现的某种模式可能是虚假,偶然发生的. 2问题定义 把数据可以转换为如下表的二元表示,非二元不在本文讨论范围 项集 项集的支持度计数: 关联规则: 我们要发现,满足最小支持度与最小置信度…

Power BI 与 Azure  Analysis Services 的数据关联:1.建立  Azure  Analysis Services服务…

Power BI 与 Azure  Analysis Services 的数据关联:2.Azure  Analysis Services与 本地版本的 SQL   Analysis Services 连接…

Power BI 与 Azure  Analysis Services 的数据关联:3.还原备份文件到Azure  Analysis Services 配置存储设置 备份前,需要为服务器配置存储设置. 配置存储设置 在 Azure 门户中,转到“设置”,单击“备份”. 单击“已启用”,并单击“存储设置”. 选择存储帐户,或新建一个. 选择容器,或新建一个. 保存备份设置. 使用 SSMS 还原 在 SSMS 中,右键单击某个数据库,转到“还原”. 在“备份文件”的“备份数据库”对话框中,单击“浏…

Power BI 与 Azure  Analysis Services 的数据关联:4.Power BI 连接到Azure  Analysis Services 过使用服务器名称别名,用户可以使用较短的“别名”而非服务器名称来连接到 Azure Analysis Services 服务器. 从客户端应用程序进行连接时,将使用 link:// 协议格式将别名指定为终结点. 然后,终结点返回实际的服务器名称以便进行连接. 别名服务器名称在下列方面具有优势: 在不影响用户的情况下在服务器之间迁移模型.…

gene-based关联分析研究是SNP-based关联分析研究的一个补充. 目前有很多工具支持gene-based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS2等. 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene-based的关联分析研究. 先说VEGAS2的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件. 缺点,我后面再提. VEGAS2提供了两种方式跑gene based的关联分析. 一种是在线的,一种是离线的. 下面分别介绍这两种. 1.基于在线跑VEGAS2的方式 在线网址:https://veg…

全基因组关联分析流程: 一.准备plink文件 1.准备PED文件 PED文件有六列,六列内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED文件是空格(空格或制表符)分隔的文件. PED文件长这个样: 2.准备MAP文件 MAP文件有四列,四列内容如下: chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced) r…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

前言 最近在看Peter Harrington写的"机器学习实战",这是我的学习心得,这次是第11章 - 使用Apriori算法进行关联分析. 基本概念 关联分析(association analysis)或者关联规则学习(association rule learning) 这是非监督学习的一个特定的目标:发现数据的关联(association)关系.简单的说,就是那些数据(或者数据特征)会一起出现. 关联分析的目标包括两项:发现频繁项集和发现关联规则.首先需要找到频繁项集,然后才能…

系列文章:<机器学习实战>学习笔记 最近看了<机器学习实战>中的第11章(使用Apriori算法进行关联分析)和第12章(使用FP-growth算法来高效发现频繁项集).正如章节标题所示,这两章讲了无监督机器学习方法中的关联分析问题.关联分析可以用于回答"哪些商品经常被同时购买?"之类的问题.书中举了一些关联分析的例子: 通过查看哪些商品经常在一起购买,可以帮助商店了解用户的购买行为.这种从数据海洋中抽取的知识可以用于商品定价.市场促销.存活管理等环节. 在美国…

第 11 章 使用 Apriori 算法进行关联分析 关联分析 关联分析是一种在大规模数据集中寻找有趣关系的任务. 这些关系可以有两种形式: 频繁项集(frequent item sets): 经常出现在一块的物品的集合. 关联规则(associational rules): 暗示两种物品之间可能存在很强的关系. 相关术语 关联分析(关联规则学习): 从大规模数据集中寻找物品间的隐含关系被称作 关联分析(associati analysis) 或者 关联规则学习(association rule…

从大规模的数据集中寻找隐含关系被称作为关联分析(association analysis)或者关联规则学习(association rule learning). Apriori算法 优点:易编码实现 缺点:在大数据集上可能较慢 使用数据类型:数值型或者标称型数据 关联分析寻找的是隐含关系,这些关系可以有两种形式:频繁项集或者关联规则. 频繁项集(frequent item sets)是经常出现在一起的集合 关联规则(association rule)暗示两种物品之间可能存在很强的关系 项集的支…

有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男. 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项:①染色体号:②臂的符号:③区号:④在该区内的带号. 1p22表示为1号染色体短臂2区2带. 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因.Aa不能叫等位基因,正确的逻辑是:A和a是一组等位基因.由等位基因可以定义纯合和杂合. 二倍体与多倍体细胞的某些染色体上,在同一基因座上有相同…

典型关联分析(Canonical Correlation Analysis,以下简称CCA)是最常用的挖掘数据关联关系的算法之一.比如我们拿到两组数据,第一组是人身高和体重的数据,第二组是对应的跑步能力和跳远能力的数据.那么我们能不能说这两组数据是相关的呢?CCA可以帮助我们分析这个问题. 1. CCA概述 在数理统计里面,我们都知道相关系数这个概念.假设有两组一维的数据集X和Y,则相关系数$\rho$的定义为:$$\rho(X,Y) = \frac{cov(X,Y)}{\sqrt{D(X)}\…

1. 关联分析是什么? Apriori和FP-growth算法是一种关联算法,属于无监督算法的一种,它们可以自动从数据中挖掘出潜在的关联关系.例如经典的啤酒与尿布的故事.下面我们用一个例子来切入本文对关联关系以及关联分析的讨论. 0x1:一个购物篮交易的例子 许多商业企业在日复一日的运营中积聚了大量的交易数据.例如,超市的收银台每天都收集大量的顾客购物数据. 例如,下表给出了一个这种数据集的例子,我们通常称其为购物篮交易(market basket transaction).表中每一行对应一个交…

大型超市有海量交易数据,我们可以通过聚类算法寻找购买相似物品的人群,从而为特定人群提供更具个性化的服务.但是对于超市来讲,更有价值的是如何找出商品的隐藏关联,从而打包促销,以增加营业收入.其中最经典的案例就是关于尿不湿和啤酒的故事.怎样在繁杂的数据中寻找到数据之间的隐藏关系?当然可以使用穷举法,但代价高昂,所以需要使用更加智能的方法在合理时间内找到答案.Apriori就是其中的一种关联分析算法. 基本概念 关联分析是一种在大规模数据集中寻找有趣关系的非监督学习算法.这些关系可以有两种形式:频繁项…

•1.关联分析概念 关联分析是从大量数据中发现项集之间有趣的关联和相关联系. ​ •定义:1.事务:每一条交易称为一个事务,如上图包含5个事务.2.项:交易的每一个物品称为一个项,例如豆奶,啤酒等. 3.项集:包含零个或多个项的集合叫做项集,例如{尿布,啤酒}.4.k−项集:包含k个项的项集叫做k-项集,例如 {豆奶,橙汁}叫做2-项集.5.支持度计数:一个项集出现在几个事务当中,它的支持度计数就是几.例如{尿布, 啤酒}出现在事务002.003和005中,所以           它的支持度计…

[数据挖掘]关联分析之Apriori 1.Apriori算法 如果一个事务中有X,则该事务中则很有可能有Y,写成关联规则 {X}→{Y} 将这种找出项目之间联系的方法叫做关联分析.关联分析中最有名的问题是购物蓝问题,在超市购物时,有一个奇特的现象——顾客在买完尿布之后通常会买啤酒,即{尿布}→{啤酒}.原来,妻子嘱咐丈夫回家的时候记得给孩子买尿布,丈夫买完尿布后通常会买自己喜欢的啤酒. 考虑到规则的合理性,引入了两个度量:支持度(support).置信度(confidence),定义如下 支持度…

在机器学习中,常用的主题有分类,回归,聚类和关联分析.而关联分析,在实际中的应用场景,有部分是用于商品零售的分析.在Spark中有相应的案例 在关联分析中,有一些概念要熟悉. 频繁项集,关联规则,支持度,置信度,提升度.其中 频繁项集(frequent item sets) 是经常出现在一块的物品的集合,关联规则(association rules)    两种物品之间可能存在很强的关系 1)支持度 support (x => y)     = P(x y) = freq(x y)/total…

英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊:Nature Genetics影响因子:29.352一.研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法,值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性.阻止出现更高水平的抗药性以及阻止抗药性扩散到非洲刻不容缓.为了更好同抗药性进行斗争,了解遗传因素在抗药性的混合和传播中的作用非常重要…

前言 想必大家都听过数据挖掘领域那个经典的故事 - "啤酒与尿布" 的故事. 那么,具体是怎么从海量销售信息中挖掘出啤酒和尿布之间的关系呢? 这就是关联分析所要完成的任务了. 本文将讲解关联分析领域中最为经典的Apriori算法,并给出具体的代码实现. 关联分析领域的一些概念 1. 频繁项集: 数据集中经常出现在一起的物品的集合.例如 "啤酒和尿布" 2. 关联规则: 指两个物品集之间可能存在很强的关系.例如 "{啤酒} -> {尿布}"…

关联分析是一种在大规模数据集中寻找有趣关系的任务,这些关系有两种形式:频繁项集和关联规则.频繁项集是经常出现在一起的物品的集合,关联规则暗示两种物品之间可能存在的很强的关系. 如何寻找数据集中的频繁或关联关系呢?主要是通过支持度和可信度. 一个项集的支持度被定义为数据集中包含该项集的记录所占的比例. 可信度是针对关联规则来定义的,比如规则A->B的可信度为:支持度{A,B} / 支持度{A} 支持度和可信度是用来量化关联分析是否成功的方法. Apriori原理: 要计算某个项集在数据集的支持度,…

 http://blog.csdn.net/vipzjyno1/article/details/25463457    Android启动模式Flags栈Task   目录(?)[+] 什么是栈 栈 定义栈Stack 栈的操作压栈弹栈 Activity中的栈 Task Activity启动模式 Activity栈和Task联系 Intent Flags Activity相关属性taskAffinity      在学习Android的过程中,Intent是我们最常用Android用于进程内或进程…

http://blog.csdn.net/vipzjyno1/article/details/25463457    在学习Android的过程中,Intent是我们最常用Android用于进程内或进程间通信的机制,其底层的通信是以Binder机制实现的,在物理层则是通过共享内存的方式实现的.     Intent主要用于2种情景下:(1)发起意图  (2)广播     它的属性有:ComponentName,action,data,category,extras,flags等,通常情况下,进行…

前面一篇文章分析了文件安全上下文关联过程.可是在SEAndroid中,除了要给文件关联安全上下文外,还须要给进程关联安全上下文.由于仅仅有当进程和文件都关联安全上下文之后,SEAndroid安全策略才干发挥作用.也就是说,当一个进程试图訪问一个文件时.SEAndroid会将进程和文件的安全上下文提取出来.依据安全策略规则.决定是否同意訪问.本文就具体分析SEAndroid的进程安全上下文的关联过程. 老罗的新浪微博:http://weibo.com/shengyangluo.欢迎关注! 在传统的…

附注:不要问我为什么写这么快,是16年写的. 一.分析目的 I用户在某电商平台买了A,那么平台接下来应该给用户推荐什么,即用户在买了商品A之后接下来买什么的倾向性最大: II应该把哪些商品在一起做捆绑销售. 二.理论介绍 数据挖掘中的经典算法之一:关联分析.关联分析内部理论又分为apriori , eclat , FP-Growth.这里采用apriori.关于他们的优缺点,适应条件什么的,只能等我看完理论再写了. 三.R包介绍 介绍将要用到的两个软件包:arules和arulesViz. ar…

适合阅读人群:有一定的数学基础. 这几篇文章是16年写的,之前发布在个人公众号上,公众号现已弃用.回过头来再看这几篇文章,发现写的过于稚嫩,思考也不全面,这说明我又进步了,但还是作为学习笔记记在这里了,方便以后自己经常查阅. 支持向量机(SVM)理论总结系列.线性可分(附带R程序案例:用体重和心脏重量来预测一只猫的性别) R系列:关联分析:某电商平台的数据:做捆绑销售和商品关联推荐 R系列:分词.去停用词.画词云(词云形状可自定义) end!…

关联分析又称关联挖掘,就是在交易数据.关系数据或其他信息载体中,查找存在于项目集合或对象集合之间的频繁模式.关联.相关性或因果结构.关联分析的一个典型例子是购物篮分析.通过发现顾客放入购物篮中不同商品之间的联系,分析顾客的购买习惯.比如,67%的顾客在购买尿布的同时也会购买啤酒.通过了解哪些商品频繁地被顾客同时购买,可以帮助零售商制定营销策略.关联分析也可以应用于其他领域,如生物信息学.医疗诊断.网页挖掘和科学数据分析等. 1. 问题定义 图1 购物篮数据的二元表示 图1表示顾客的购物篮数据,其…

概念 关联分析:从大规模数据集中寻找物品间的隐含关系.物品间关系又分为两种:频繁项集或关联规则,频繁项集是经常出现一块的物品集合:关联规则则暗示物品间存在很强的联系 关联评判标准:支持度和可信度.支持度是指数据集中包含该项集的记录所占比例,是针对项集而言:可信度(置信度)是针对一条关联规则定义的,规则A->B的可信度定义为支持度(A|B)/ 支持度(A) apriori原理:若某项集是频繁的,那他的子集也是频繁的 apriori算法目的:找到强关联规则,即满足最小支持度和最小置信度的关联规则 思…