通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙 质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan 1,2,* , Michael F. Moran 2,3 , and Bin Ma 1 单…
文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学 一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…
期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy…
大家好,本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于糖蛋白基因组学的文章,题目是Glycoproteogenomics: A Frequent Gene Polymorphism Affects the Glycosylation Pattern of the Human Serum Fetuin/α-2-HS-Glycoprotein,通讯作者是乌特勒支大学的Vojtech Franc和Albert J. R. Heck. 人胎球蛋白,也叫α-2…
文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…
大家好,本周分享的是发表在MCP上的一篇关于鸟枪蛋白质组学中的错误率的文章,题目是Integrated identification and quantification error probabilities for shotgun proteomics,作者是瑞典皇家理工学院的Matthew The 和Lukas Kall. 鸟枪法蛋白质组学中蛋白的无标定量存在诸多误差.蛋白的鉴定就是其中的一个来源.然而人们经常忽略某些错误源,且在后续步骤中认为过滤得到的列表是完全正确的,这两个错误的累加很…
大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics. 上的一篇关于阿尔兹海默病临床前期生物标志物鉴定的文章,题目是Changes in synaptic proteins precede neurodegeneration markers in preclinical Alzheimer’s disease cerebrospinal fluid,通讯作者是巴塞罗那Hospital de la Santa Creu i Sant Pau的Olivia Bel…
大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics.上的一篇关于富马酸二甲酯在脑细胞蛋白质中新作用靶点的鉴定及功能性验证的文章,题目是Identification of Novel Protein Targets of Dimethyl Fumarate Modification in Neurons and Astrocytes Reveals Actions Independent of Nrf2 Stabilization,通讯作者是南卡罗来纳大学的N…
大家好,本周分享的是发表在MCP(MOLECULAR&CRLLULAR PROTEOMICS)上的一篇关于质谱数据处理和识别的文章,题目是psims - A Declarative Writer for mzML and mzIdentML for Python,通讯作者是波士顿大学的Joseph Zaia. 质谱中数据处理和识别方法的激增导致需要描述其结果的工具的复杂性不断增加. 在过去的十五年中,两种质谱数据mzML 和mzIdentML ,已成为计算方法开发的核心. 目前有基于C/C++的…
文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…
文献名:Proteomic and N-Terminomic TAILS Analyses of Human Alveolar Bone Proteins: Improved Protein Extraction Methodology and LysargiNase Digestion Strategies Increase Proteome Coverage and Missing Protein Identification(人类牙槽骨蛋白的蛋白质组学和n端分析:改进的蛋白质提取方法和Ly…
文献名:iHPDM: In Silico Human Proteome Digestion Map with Proteolytic Peptide Analysis and Graphical Visualizations 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年12月) IF:3.86 单位: 资讯科学研究院,中央研究院,台湾 物种:人 技术:蛋白质组生物信息学 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 在有关丢失蛋白(MP,m…
文献名:High-density peptide arrays help to identify linear immunogenic B cell epitopes in individuals naturally exposed to malaria infection(高密度肽段阵列有助于在自然暴露于疟疾感染的个体中识别线性免疫原性B细胞表位) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.236 单位: 1海德堡大学附属医院寄生虫学感染中心,德国…
文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…
文献名:Stress-induced changes in the S-palmitoylation and S-nitrosylation of synaptic proteins (压力诱导突触蛋白的S-棕榈酰化和S-亚硝基化的改变) 期刊名:Mol Cell Proteomics 单位:Laboratory of Cell Biophysics, Nencki Institute of Experimental Biology, Polish Academy of Science, 02-…
