Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

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Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里…

pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python)--转载

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1…

Linux安装LAMP开发环境及配置文件管理

Linux主要分为两大系发行版,分别是RedHat和Debian,lamp环境的安装和配置也会有所不同,所以分别以CentOS 7.1和Ubuntu 14.04做为主机(L) Linux下安装软件,最常见有源码安装方式.RPM/deb安装方式.yum/apt-get安装方式等,在这里使用yum/apt-get安装LAMP开发环境 CentOS 7.1 下安装LAMP开发环境及配置文件管理安装并配置Apache [root@localhost ~]# yum install httpd 默认安装…

CentOS安装Apache-2.4.10+安全配置

注:以下所有操作均在CentOS 6.5 x86_64位系统下完成. #准备工作# 在安装Nginx之前,请确保已经使用yum安装了各基础组件,并且配置了www用户和用户组,具体见<CentOS安装Nginx-1.6.2+安全配置>. 另外还需要先安装以下几个组件: 1.安装Sqllite: # wget http://www.sqlite.org/2014/sqlite-autoconf-3080704.tar.gz # .tar.gz # cd sqlite-autoconf- # ./c…

Java 学习第一步-JDK安装和Java环境变量配置

Java学习第一步——JDK安装及Java环境变量配置 [原文] 2014-05-30 9:09 Java SE 阿超 9046 views Java作为当下很主流的编程语言,学习Java的朋友也越来越多了,作为一门面向对象的编程语言,Java也有着安全.高效等诸多有点.从TIOBE(TIOBE排行榜是根据互联网上有经验的程序员.课程和第三方厂商的数量,并使用搜索引擎(如Google.Bing.Yahoo!.百度)以及Wikipedia.Amazon.YouTube统计出排名数据,只是反…

magento安装新插件后后台配置空白解决办法

前段时间,安装完Magento插件以后,就会出现空白或者404问题,在某些运营中的magento网站,安装新插件后后台配置空白解决. 1 将sysytem->toos->Compilation如果Compiled是Enabled,将其改成disable 2.将system->Cache Storage Management中的重新刷新一下,即可. 基本主要原因是由于Compilation功能开启后造成,当时碰到这问题,想了猜了无数原因,终于想起了Compilation功能开着了.…

Java JDK的安装以及环境变量的配置

安装并配置完Android SDK之后,本想着可以做个简单的APP应用了,只是依然提示我“请确认Java JDK是否安装”类似的报错,于是又进行了Java JDK的安装以及环境变量的配置. 1.下载地址:http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html,选择适合自己电脑版本的来下载,因为我的电脑是Windows 7,因此我就选择jdk-8u101-windows-x64.exe来…