seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk make The only library dependency is zlib.…

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

一  前言 本文是上一篇博客JWebFileTrans:一款可以从网络上下载文件的小程序(一)的续集.此篇博客主要在上一篇的基础上加入了断点续传的功能,用户在下载中途停止下载后,下次可以读取断点文件,接着上次已经下载的部分文件继续下载.另外将程序名从JWebFileTrans更改为JDownload,并从github的utility repository中独立出来专门维护,后续会添加多线程.ftp下载等功能.JDownload的github链接请点击JDownload源代码 . 另外时隔三个月后…

一 前言 本篇博客是<JWebFileTrans(JDownload):一款可以从网络上下载文件的小程序>系列博客的第三篇,本篇博客的内容主要是在前两篇的基础上增加多线程的功能.简言之,本篇博客截止目前所达到的功能是:基于HTTP协议的多线程断点远程下载小程序.在阅读本篇博客之前,读者应该先阅读笔者的前两篇博客: JWebFileTrans: 一款可以从网络上下载文件的小程序(一), 链接地址请点我 JWebFileTrans(JDownload): 一款可以从网络上下载文件的小程序(二),…

一 前言 时间过得真快,距离本系列博客第一篇的发布已经过去9个月了,本文是该系列的第四篇博客,将对JDownload做一个整体的描述与介绍.恩,先让笔者把记忆拉回到2017年年初,那会笔者在看Unix环境高级编程这本书,其中有些章节是socket相关的,这引起了我很大的兴趣.然后有一天,看着屏幕上正在下载文件的迅雷,突然灵光一闪,要不自己也写个下载工具吧,正所谓学以致用嘛,然后网上简单搜索了一下,发现是可行的,于是乎就开始着手实现之.该系列的第一篇博客实现了一个基本的http站点迷你下载工具,第…

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"…

一 摘要 JWebFileTrans是一款基于socket的网络文件传输小程序,目前支持从HTTP站点下载文件,后续会增加ftp站点下载.断点续传.多线程下载等功能.其代码已开源到github上面,下载网址是JWebFileTrans的github链接 . 二 下载功能演示截图 笔者分别用3个链接做了下载测试,分别是apache tomcat镜像.apache hbase 华中科大镜像以及著名下载工具快车的官网下载链接,链接如下: http://www-us.apache.org/dist/to…

p.p1 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px "Songti SC" } p.p2 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Times; min-height: 14.0px } span.s1 { font: 12.0px Times } 一．写在前面 1.为什么要学小程序开发? 对于前端开发而言,微信小程序因为其简单快速.开发成本低.用户流量巨大等特点,也就成了前端开…

一．写在前面 1.为什么要学小程序开发? 对于前端开发而言,微信小程序因为其简单快速.开发成本低.用户流量巨大等特点,也就成了前端开发工程师必会的一个技能. 2.先看看小程序效果 (1)欢迎页 (2)首页:轮播头图,天气,豆瓣电影正在热映 (3)全国城市切换页 (4)天气详情页 (5)地图周边服务 (6)豆瓣电影 (7)热点新闻 (8)更多页面 3.开发准备: (1)有人开玩笑说,会vue小程序根本都不用学: 微信小程序虽然是腾讯自己搞的,但是核心的思想跟vue等框架是一样一样的哦~ (2)善于…